黃元御在中醫界是一個憤青的存在，一方面是性格孤傲，另一方面是小時候遭庸醫誤治導致一隻眼睛失明殘疾。這使得他看到發奮學醫，從中醫源頭入手，吸收後世溫補的思想，以五運六氣為學說根基，形成自己的學術思想。對跟自己認識相悖的理論治治療方法通通批判，四庫全書評價其為中醫界善罵之人。明國著名經方家曹穎蒲的學術思想就受了黃元御很大影響，在當今經方日益昌盛的時代，對黃元御學術思想的學習更進了一步

第一，唐宋以降，時方紛起，魚龍混雜，導致黃元御虛損一目。於是他勤求古訓，效法歧黃，撥亂反正，匡正時醫之弊，不求時髦，還本溯源，寫下一系列堅持中醫原道的著作。他曾說：“非《靈》《素》之理，不能解《金匱》之言。”，所以，他屬於遵經復古派。對於經方復興作出很大貢獻。

第二，他十分重視陰陽五行學說在中醫辨證中的運用。他極力將陰陽學說引伸到髒象，經絡，氣血，津液，皮肉，筋骨，毛髮，孔竅甚至精神方面，真正實踐《內經》所述：陰陽者天地之道也。以此經緯著人體與疾病關係揉合成井然有序的整體。這對於當時已成溯流而識症而不識證醫法是一種否定之否定式矯正。迴歸中醫本源，運用中醫思維來認識世界認識人體認識疾病，這才是真正中醫。一切識症不識證不知陰陽只知頭痛醫頭足痛醫足者，均偽中醫耳！這對時下以西醫思維用中草藥治病的西化中醫來說，黃元御學說仍然具有巨大學術意義與臨床意義。

第三，黃元御主張治病以扶陽抑陰為主。他是扶陽派的祖師爺。他認為人身真陽是生命的大寶，他反對貴陰賤陽論，反對“陽常有餘，陰常不足”論，認為“陽性動而陰性止，動則運，而止則鬱，陽盛而生病者千百之一，陰盛而生病者盡人皆是。”，這對當代中醫養生及治療具有很強現實意義。

第四，黃元御非常重視脾胃氣機升降。他認為中氣旺，升降和，則諸髒升降各得其宜。如果中氣衰則升降窒，那麼直接影響到腎精，心神，肺氣，肝血的正常運化，由此而產生各種疾病。這對中醫臨床有著指導性意義。

本人對黃元御中醫學術思想研究不多，在中醫高等院校教材上，以及相關中醫文獻上，黃元御算不上一流中醫學家。但中醫學術門派眾多，各抒已見。清代的尊經派，陳修園中醫學術思想的影響和中醫普及教育的貢獻比黃元御還大。特別是在南方，推崇陳修園的比推崇黃元御的多。

黃元御發展了中醫脾胃理論，為氣機升降理論增添了更新的內容。脾土左升，肝氣和腎水都隨著上升；胃土右降，膽氣和心火隨著下降。這是一個左邊升，右邊降的圓圈的“中土迴環”理論。黃元御第五代傳人麻瑞亭老中醫，從黃元御書中拿出一個“下氣湯”的方子，稍微加減一下，變成一個藥性有升降，調和脾胃的方子。老中醫一輩子基本就用這個方子治病，患者如雲，活人無數。

黃元御寫有的《長沙藥解》和《玉楸藥解》書裡對藥性的解釋非常透徹，而且見解獨到。對《黃帝內經》裡的五運六氣的理解與別人也不同。黃元御的理論和各種疾病治療方法，在著作《四聖心源》裡有詳細的說明。

我認為中醫界絕對高手的有，扁鵲，針灸湯藥按摩手術望聞問切全通。在就是黃元御，也是針灸湯藥全會，還有繼承自學了古醫術的理論，在當時到現代無人能超越他。在就是張錫純了，在就沒有了，這是我個人看法

黃元御先生理論之完美，天下無雙。然則傳統中醫理論最大的問題是逆測，以哲學思辨代替解剖學與生理學，故而流於空想。無數後學陷入理論黑洞，忘記臨床經驗，科學用藥證據和患者真實感受。唯有循證醫學才是中醫藥現代化的方向。