戊戌政變中，袁世凱雖然站對了政治隊伍，卻讓他先前苦心營造的維新改革派的形象毀於一旦，在世人的心目中，袁世凱成了一個投機鑽營、賣友求榮的小人。為了挽回自己的形象，也為了政治前途，袁世凱不得不進行自我辯誣。

民國十五年，袁世凱的機要秘書張一馨透露了袁世凱在這一時期的日記。

1898年9月29日，即“戊戌六君子”被殺次日，袁世凱寫了一篇《戊戊日記》1898民國年9為自己在變法中的變節行為進行辯白，從而為自己開脫罪責。這份日記曾在民國15年(1926年)2月2日、4日、6日、8日刊載於上海《申報》。

1898年10月10日，袁世凱在小站寫了《自書戊戌紀略後》一文，再一次表白自己的苦衷。在這篇文章裡，袁世凱剖陳了自己當時的兩難處境，說明了他的心路歷程。他聲稱“皇太后聽政三十餘年，迭削大難，功在社翟，亦天下之君也。況今上為皇太后命立，亦有君臣之義，且有母子之分，天下豈有無母之國哉!我皇上孝治天下二十餘年，漩宮侍養，備極崇睦，薄海臣民，同深欽仰。為臣子者自當矢志忠貞，隨時維持，不敢議及天子，累皇太后以不慈，更何敢議及慈聖，累皇上以不孝。”

“乃譚嗣同等煽惑構亂，離間兩宮，竟欲陷君於不義，邁為天理所能容?當其謀亂之時，國之危機有三;倘其兇謀果逞，內憂外患一時並起，中原疆域立見瓜分，其危一;設予稍露圭角，該黨必將害我，以其黨代之，內有悍徒，外有勁旅，何堪設想?其危二;或者發洩後榮相不即入樞廷善為調和，保全上位，各國必將藉口交證，匪黨挾以有辭，將至不可收拾，其危三。賴列祖列宗在天之靈，幸得佑免三危。然禍機之來問不容發，亦云險矣。予世受國朝重恩，幼受庭訓，自通籍十七年來，只知以道事君，不敢稍涉欺周，無論人之知與不知，願力任勞怨，百折不回，其不忠不孝之言，向不敢出諸口，不料逢此枕機，幾涉奇險。然區區此心，意在誅鋤誤君誤國之徒。該黨無禮於君，予為鷹鶴之逐，亦人臣之大義，皎皎此心，可質天日，且亦正所以保全皇上。倘該黨等兇謀果逞，必將難保宗社，更何以保全皇上?此亦必然之勢也。為臣子者，但求心安理得，此外非所計也。”在這篇紀略裡，袁世凱反誣維新派“煽惑構亂”，是奸黨，吹捧慈禧太后為“迭削大難，功在社翟”的明君，而自己的行徑卻被稱為“保全皇上”義舉。這種對自己的拼命迴護，顯示出袁世凱對自身形象被毀的痛心和意欲挽回名譽的迫切心情。這些辯白和申述，多少挽回了他在士人心日中的形象，也為他在以後東山再起保留了機會。