吳清源1914年出生於福州，出生後一百天便離開家鄉到了北京，所以他沒有在福建家中生活的記憶。

但按照華人的家鄉、祖籍劃分，吳清源的家鄉和祖籍都是在福州，這是沒有任何疑問的。現在福州建有吳清源會館、舉辦吳清源杯世界女子圍棋錦標賽，都是因為福州是吳清源的出生地之故。據說他的出生地還在，只是面目全非，難覓昔日蹤跡。這也很好理解，畢竟都已經過去了一個多世紀，留下的痕跡都已隨著百年歲月而消於無形。

不過，說北京是吳清源的故鄉也成立，因為吳清源出生後100天即遷到了北京，自小在北京長大，學會的圍棋，他說一口地道的京片子，即使在日本生活多年，口音未改；他嶄露頭角的歲月都在北京，從父親那裡學會圍棋後，他憑藉著過人的天賦，透過打譜（其父訂閱有日本圍棋雜誌），自學成長為一代高手。

如今有人說吳清源在北京有師傅教棋，這種說法肯定勉強，因為吳清源12歲時已經打遍京城無敵手，他的啟蒙來自於父親，長棋來自於自學打譜，以當時中國和日本的圍棋水平理念和實力的巨大差距，誰能教得了吳清源？

正因為吳清源自小無門無派，所以他的棋沒有受限制，沒有被拘束，自由自在，任意揮灑。日本圍棋元老瀨越憲作聽說北京出了一位圍棋天才後，要來棋譜一看大驚，驚呼“秀策再世”，秀策是日本棋聖級別的棋手，棋風自成一派，實力領先同時代棋手一大截。

瀨越憲作隨即派弟子橋本宇太郎來北京考核吳清源棋力，兩盤棋讓先，吳清源皆勝。吳清源的才華與實力得以確認，1929年，在瀨越憲作等運作下，14歲的吳清源東渡日本，開始了他一生的職業生涯。

2002年來吳清源來北京時，重返他兒時住的故居，他對門前的石墩和院中的拴馬臺都記憶猶新，畢竟他在這裡長大，渡過了人生最初的14年。