醫學影像的載體檔案格式一般分為DICOM、Analyze和NIfTI、MNI、AFNI的幾種格式，下邊我就淺談常用的幾種格式
1）DICOM格式：
通常，DICOM把每一層影象都作為一個獨立的檔案，這些檔案用數字命名從而反映相對應的影象層數（在不同的系統有一定差異）。檔案中包含檔案頭資訊，且必須要特定的軟體才能開啟使用。在所有格式中，DICOM包含了大量的元資料資訊在檔案頭中，包括儀器資訊、影象採集引數以及病人資訊資料。 儘管DICOM是MRI採集的標準輸出格式，但是，資料分析前往往要把DICOM格式轉化為其他分析格式，這主要是因為DICOM資料比較龐大。由於DICOM把每層影象都儲存為獨立檔案，這會導致產生大量較小的數字檔案，從而堵塞檔案系統，降低分析速度。有很多免費工具可以把DICOM資料轉換為其他儲存格式。
1.1）Mosaic資料儲存格式
有些MRI的脈衝序列（特別是西門子MRI系統）把fMRI的DICOM資料儲存為Mosaic格式。這種格式中，每個影象檔案中包含1個mosaic檔案，而實際是16層的影象。該儲存格式就節約了大量的儲存空間。大多情況下，儀器生產商寧願儲存為256×256，而fMRI影象的矩陣為64×64。因此，分析前必須解壓縮mosaic影象，使之成為三維或四維檔案從而符合分析軟體需要的格式。
2）Analyse格式
Analyze格式儲存的每組資料組包含2個檔案，一個為資料檔案，其副檔名為.img，包含二進位制的影象資料；另外一個為標頭檔案，副檔名為.hdr，包含影象的元資料。在fMRI的早期，Analyze格式最常用的格式，但現在逐漸被NIfTI格式所取代。Analyze格式主要不足就是標頭檔案不能真正反映元資料。
3）NIFTI格式
標準NIfTI影象的副檔名是.nii，包含了標頭檔案及影象資料。由於NIfTI格式和Analyze格式的關係，因此NIfTI格式也可使用獨立的影象檔案（.img）和標頭檔案（.hdr）。單獨的.nii格式檔案的優勢就是可以用標準的壓縮軟體（如gzip），而且一些分析軟體包（如FSL）可以直接讀取和寫入壓縮的.nii檔案（副檔名為.nii.gz）
醫學影像的載體檔案格式一般分為DICOM、Analyze和NIfTI、MNI、AFNI的幾種格式，下邊我就淺談常用的幾種格式
1）DICOM格式：
通常，DICOM把每一層影象都作為一個獨立的檔案，這些檔案用數字命名從而反映相對應的影象層數（在不同的系統有一定差異）。檔案中包含檔案頭資訊，且必須要特定的軟體才能開啟使用。在所有格式中，DICOM包含了大量的元資料資訊在檔案頭中，包括儀器資訊、影象採集引數以及病人資訊資料。 儘管DICOM是MRI採集的標準輸出格式，但是，資料分析前往往要把DICOM格式轉化為其他分析格式，這主要是因為DICOM資料比較龐大。由於DICOM把每層影象都儲存為獨立檔案，這會導致產生大量較小的數字檔案，從而堵塞檔案系統，降低分析速度。有很多免費工具可以把DICOM資料轉換為其他儲存格式。
1.1）Mosaic資料儲存格式
有些MRI的脈衝序列（特別是西門子MRI系統）把fMRI的DICOM資料儲存為Mosaic格式。這種格式中，每個影象檔案中包含1個mosaic檔案，而實際是16層的影象。該儲存格式就節約了大量的儲存空間。大多情況下，儀器生產商寧願儲存為256×256，而fMRI影象的矩陣為64×64。因此，分析前必須解壓縮mosaic影象，使之成為三維或四維檔案從而符合分析軟體需要的格式。
2）Analyse格式
Analyze格式儲存的每組資料組包含2個檔案，一個為資料檔案，其副檔名為.img，包含二進位制的影象資料；另外一個為標頭檔案，副檔名為.hdr，包含影象的元資料。在fMRI的早期，Analyze格式最常用的格式，但現在逐漸被NIfTI格式所取代。Analyze格式主要不足就是標頭檔案不能真正反映元資料。
3）NIFTI格式
標準NIfTI影象的副檔名是.nii，包含了標頭檔案及影象資料。由於NIfTI格式和Analyze格式的關係，因此NIfTI格式也可使用獨立的影象檔案（.img）和標頭檔案（.hdr）。單獨的.nii格式檔案的優勢就是可以用標準的壓縮軟體（如gzip），而且一些分析軟體包（如FSL）可以直接讀取和寫入壓縮的.nii檔案（副檔名為.nii.gz）