直隸總督作為清朝九大總督之首，雖然權傾朝野，位極人臣，但實際上，在他的轄區內，有兩個地方是直隸總督管不了的，一個是避暑山莊所在的熱河，另一個就是順天府尹。

順天府從長官的官名就看出他與普通州府的區別，普通州府的最高長官稱知府，從四品，而順天府則稱“尹”，正三品，也就比地方巡撫低半級（不加兵部侍郎銜，從二品），可見等級之高。

順天府在清軍之初，由於是天子腳下，負責整個京城的治安，位子相當重要，在整個康熙時代，除了滿人，能坐上這個位子的也就是入了旗的漢人，普通漢人官員連想都別想，皇帝不會把這個位子放給外人。

順天府雖屬直隸轄區，但順天府並不屬於直隸總督領導，府尹在轄區內通常有極高的自主權，雖然一些重大的事情要和直隸總督商量，但也不過是走個形式，許多事情並不是直隸總督能夠做主的。舉一個例子，一般正三品衙門使用的官印都為銅印，也只有總督、巡撫一級的才能使用銀印，但順天府尹和巡撫一樣，也是使用銀印。

順天府還有“小刑部”的稱呼，因為順天府尹可以受理全國的司法案件。在清朝，一般普通知府是不能審理異地案件的，但順天府可以，許多不滿當地政府判決的，上京告御狀就是在順天府開堂。

因此，即使如曾國藩、李鴻章等如此知名的直隸總督，輕易也不敢招惹順天府尹，因為二者就不屬於隸屬關係，順天府尹找你商量那是給你這個上級面子，不經過你直接上奏皇帝，你也只能乾瞪眼，對他也無可奈何。

所以當年李鴻章剛接手直隸總督的時候，檢查各地州府的府志、縣誌，唯獨順天府沒有，李鴻章也不敢責備，只得從直隸總督府拿出了九千兩銀子的辦公經費撥給順天府，讓他們趕緊把府志補齊，如果強行壓派，估計順天府尹也不會買他的賬。

李鴻章出任直隸總督，處理內政外交，權傾朝野。李鴻章從不干涉順天府的軍政要務，這是因為：

順天府是明清兩代北京地區，順天府的轄區在清初多有變化，乾隆八年固定下來，共領五洲十九縣，順天府的轄區分四個廳，西路庁，東路廳，北路廳和南路廳，順天府是首都的最高地方行政機關，職位特別顯赫，品級為正三品，高出知府二至三級，由尚書，侍郎級大臣兼管，用銀印，位同封疆大吏的總督，巡撫。但府尹和總督不存在隸屬關係，但北京城外的地區由直隸總督衙門和順天府衙門雙重領導，大的舉措要會衙辦理，北京城內，直隸總督無權過問。

順天府尹是清朝順天府最高行政長官，順天府轄區為通州，涿州，大興縣，宛平縣等24個州縣，朝廷給了順天府尹許多特殊高的待遇

1，提高順天府尹的級別，順天府官級為正三品，比知府高了三級。

2.允許順天府屍專摺奏事，順天府尹能與總督，巡撫，尚書，侍郎，翰林，御史等人一樣，供皇帝作出決斷。享受"直達聖聽"待遇，一般知府沒有這個權力。

3.授權順天府尹接受全國訴狀，實行屬地管理，順天府有了"小刑部"之稱，順天府尹有了"小刑部尚書"的稱號。

4.1813年天理教事件，天理教徒攻入紫禁城，直插皇宮重地，給嘉慶皇帝大的震動，他採取了整改措施，減少直隸總督權力，提升順天府尹作用。

這樣，順天府就形成一個相對封閉，獨立的區域。直隸總督李鴻章很難插手管到順天府。