清代前期有多位科爾沁部的皇后，其本質是一種政治聯姻，加上孃家人的互相照顧。

在蒙古諸部中，科爾沁是最早與滿洲結盟及歸附的，後編六旗，即左右翼×前中後，屬哲里木盟。另有杜爾伯特旗、扎賚特旗、郭爾羅斯前旗後旗。

第一位來自科爾沁的皇后是哲哲，即孝端文皇后，十六歲時嫁給了二十二歲的皇太極。後來皇太極繼承大汗，冊封為大福晉。稱帝建立大清之後，冊封哲哲為皇后。

哲哲的兩個侄女海蘭珠和布木布泰後來也嫁給了皇太極，即關雎宮宸妃和永福宮莊妃。莊妃即著名的孝莊太后，順治帝福臨的生母。

給順治找媳婦的時候，孝莊太后依然想著孃家，於是科爾沁卓禮克圖親王吳克善的女兒孟古青成了第一任皇后，也就是孝莊太后的侄女。但順治並不喜歡她，兩年後不顧孃的反對，毅然廢為靜妃。

順治的第二位皇后，即孝惠章皇后，是科爾沁貝勒綽爾濟之女，孝莊太后的親侄孫女，從這算比福臨還小一輩。這個新皇后，順治也不喜歡，過幾年又張羅廢后，但被太后制止了。順治死了，康熙繼位，尊這位嫡母為仁憲皇太后。

另外攝政王多爾袞的嫡福晉也是科爾沁部的，與莊妃是堂姐妹。當多爾袞被追尊義皇帝時，尊其為義皇后。很快就都被順治撤銷了，多爾袞也給打到了。

之後的清代皇帝后宮中有來自科爾沁部的，但沒有直接冊封為皇后的。只有道光的靜皇貴妃，算是咸豐的養母，也是恭親王奕訢的生母，臨死前被尊為太后。直到同治年間才附廟，諡孝靜成皇后。

科爾沁部的幾個世襲王爺在蒙古各部中也是最特殊的，工資待遇都比其他高，與外蒙古汗相當。

另外在歷代皇帝娶科爾沁之女的同時，也把公主等宗室女嫁到科爾沁部。如嘉慶帝第三女莊敬和碩公主嫁給科爾沁右翼後旗郡王索特納木多布濟，但沒有子嗣，只好過繼了一個族內孩子來繼承爵位，這個少年就是僧格林沁，後因軍功晉封多勒噶臺親王、世襲罔替。

來自科爾沁部的后妃們都是博爾濟吉特氏，即孛兒只斤，昔日蒙古皇族，是成吉思汗弟弟的後裔。

縱觀清朝歷史，出身蒙古尤其蒙古科爾沁部的后妃相當之多，最明顯的標誌就是“博爾濟吉特氏”。這並非尋常的蒙古姓氏，而是蒙古黃金家族“孛兒只斤氏”的演變體。

著名的的孝莊太后等人，均是科爾沁部貴族之女出身。而清朝眾多的科爾沁后妃，也是“滿蒙聯姻”的重要標誌，是清朝維護統治安定的組成部分。

無論是後金還是清朝，女真崛起以後為了對抗明帝國，與明朝北方勁敵蒙古諸部聯合，而聯姻也是其中一個重要的做法。蒙古沒落之後，尤其是黃金家族敗落，殘存一支居住與察哈爾科爾沁部地區，這裡也是當時蒙古諸部中最富有最強大，文明最繁榮的一個。

科爾沁部是察哈爾部的組成部分，而察哈爾在蒙古四分五裂之際，也有統一漠北漠南恢復蒙古雄風的野心，與滿洲聯合也成為了必然選擇。

不過事實上，清朝出身博爾濟吉特氏的皇后並不多，主要就是皇太極的正宮孝端文皇后博爾濟吉特氏、世祖廢后博爾濟吉特氏、世祖孝惠章皇后博爾濟吉特氏。而其他的博爾濟吉特氏皇后大多都是追封，而且也只有太宗孝莊文皇后、咸豐帝孝靜成皇后兩人而已。

清初，蒙古博爾濟吉特氏后妃地位尊崇，而隨著清朝定鼎中原局勢漸穩，蒙古實力衰弱，後宮博爾濟吉特氏妃嬪越來越少，地位也大不如前。