歸根結底還是航運密度、航運距離和成本的問題。經過馬六甲海峽或者巽他海峽前往東北亞地區的貨運船隻，基本上以歐洲、中東和非洲為主，美洲地區或者大洋洲地區的貨船基本上不走這裡。而且在歐洲、中東和非洲的這些貨船中，歐洲和中東佔據七成，非洲三成。

以廣州到科威特航線為例，如果走馬六甲海峽，大體航路距離只有10307km（下圖）；

如果走巽他海峽的話，航程就變成了11191km，前後兩者之間多了800km，不要小看這800km，大多數遠洋貨輪航速不過14節左右，也就是25km/h，800km要多跑32個小時，成本當然高了。

如果廣州到非洲坦尚尼亞，走馬六甲海峽的話，距離大約要10449km；

如果此時該走巽他海峽，航程為10661km，兩者相差很少。也就是說東非地區前往亞太的航運，走馬六甲海峽或者巽他海峽都差不多。

如果廣州前往西非奈及利亞，走馬六甲海峽需要18308km；

如果該走巽他海峽的話，航程就可以縮短到17500km，節約800km。

所以，從上面的對比距離圖就可以看出，前往中東、南亞、歐洲、北非還是要走馬六甲海峽更好；前往東非，兩個海峽都差不多；前往南非或者西非那就要走巽他海峽了。畢竟中東、歐洲要比西非、南非發達，貨運量更大，因此就會出現走馬六甲海峽的貨船要多於走巽他海峽的。

OK，關於問題就回答到這裡吧。

巽他海峽水深資料不準確。精度低，海圖上很多區域是測量盲區。沒有水深點。由於印度尼西亞那邊比較窮。海圖很多資料都是過去西方殖民者測量的。甚至還有拓制海圖。現代航海很少用了。受制於當時技術。水深測量點稀疏。而那邊水下暗礁多。所以航行不安全。另外馬六甲海峽對歐洲亞洲航線來說也近。而從好望角到南中國海的船雖然走巽他海峽近。但是新加坡油價便宜。往往也選擇走馬六甲海峽去新加坡加油。所以走的船比較少。

和遠近無關，和海況無關，取決於海運服務。馬六甲有新加坡，有世界級的海運服務，世界級的金融中心，世界級的集裝箱轉運港口，還有美國軍港保護。