薄層分析法(TLC)TLC法是檢測黃麴黴素最為經典的方法，也是以前最為常用的方法，至今仍為一些檢測機構所用，也是一種國標方法。其原理是針對不同的試樣，用適宜的萃取溶劑將黃麴黴素從試樣中萃取出來，經柱層析淨化後，再在薄板上展開後分離。利用黃麴黴素的熒光特性，根據熒光斑點的強弱與標準比較確定其含量，對於一些組分很複雜的試樣要雙向展開，才能獲得較高的靈敏度。TLC法裝置簡單，檢測費用低，但操作繁瑣、費時，萃取和淨化效果不理想，靈敏度差，對操作人員的身體健康存在較大程度的危害。液相色譜法(HPLC)HPLC法是近年來發展起來的一種檢測方法。其原理是在高效液相色譜儀上新增柱後衍生系統分離，再用熒光檢測器測定。與其配套的柱後衍生系統有碘衍生化法、溴衍生化法及較為先進的電化學衍生化法和光化學衍生化法。當前，該方法大多用免疫親和柱來淨化、分離，其淨化效果優異。該法能準確地分離不同種類的黃麴黴素(例如：AFB1、AFB2、AFG1和AFM1等)，檢測速度快且定性與定量準確，檢測限低，可作為仲裁法使用，但儀器裝置價格昂貴，前處理方法相對繁瑣，若用到免疫親和柱則會使試樣檢測費用增加，對操作人員的身體健康仍存在一定的危害。酶聯免疫法(ELISA)ELISA法也是近年來研究開發出來的一種較為新穎的方法。其原理是根據抗體和抗原之間特異性的免疫學反應，最後用測定酶活力的方法來增加測定的靈敏度。該方法檢測速度快、對人體危害小、但重複性差、試劑壽命短、需低溫儲存、假陽性機率較高、需要配置專門的酶標儀，且對一些富含鹽和脂肪的試樣需進行額外的處理。毛細管電泳法(CE)毛細管電泳(CE)也是一種新發展起來的分析黃麴黴素的方法。該方法與鐳射減弱熒光檢測器(LIF)連用可很好地提高靈敏度。Wei等用毛細管電泳一鐳射減弱熒光檢測器測定AFB1、AFB2、AFG1和AFG1，取得了較為理想的分離效果，其中對AFB2的測定最為靈敏。但CE法的成本較高，操作複雜，不適宜在試樣檢測中廣泛應用。熒光光度法(IA C/S FB)IA C/SFB法也是一種常用的國標方法。該方法的原理是利用各種黃麴黴素的熒光特性差異用熒光光度計測定試樣中黃麴黴素的含量。該方法對檢測人員身體健康無危害，檢測速度迅速，靈敏度高，適用於大量試樣檢測，且定量準確，但檢測費用較高，需要配置專用裝置，且不能對單一的毒素進行檢測。金標試紙法金標試紙法，實際就是一種固相免疫分析法。其原理是利用抗體與抗原的特異性結合反應，可一步檢測黃麴黴素。該法可在5～10 min內完成對試樣中黃麴黴素的定性測定，具有簡單、快速的特點，且無須其他儀器裝置的配合，既可在實驗室中進行檢測，也可在現場進行實地測定，但是其檢測的準確度、精度有待進一步的研究。生物感測器法生物感測器是使用固定化技術將具有分子識別能力的生物活性物質與物理化學換能器結合，可以用來探測生物體內外的環境化學物質或與之起特異性互動作用後產生響應的一種裝置。其中利用分子間特異親和性製備的親和型生物感測器為免疫感測器口。根據能量轉換器所傳導的物理或化學訊號的不同，免疫感測器又可分為電化學免疫感測器、光學免疫感測器、壓電晶體免疫感測器等。由於生物感測器具有選擇性高、響應快、操作簡單、攜帶方便和適合於現場檢測等優點，因此各國科研工作者正積極探索研製新型生物感測器用於檢測黃麴黴素。