母種：從蘑菇上直接分離得到的菌種（試管種，用培養基培養） 原種：由母種擴大繁殖得到的菌種（瓶裝種，用培養料培養，一般多拿罐頭瓶或者小袋子培養） 栽培種：由原種擴大繁殖得到的菌種（袋裝種，用培養料培養，一般都拿蘑菇袋子培養） 母種用來儲存菌種，原種用來擴大菌種，栽培種用來生產的。

孢子或菇體組織在瓊脂培養基上萌發、分離的菌絲，稱為母種。它是生產其他菌種型別的原始種。獲得母種，有組織分離和孢子分離兩種方法。一種是從蘑菇菌褶裡收集它的孢子，並在適宜的條件下，使孢子萌發成菌絲，這是孢子分離法。另一種是從蘑菇子實體的菌傘與菌柄之間，切取某一部分組織，放在培養基上來培育菌種，稱為組織分離法。母種又稱一級種，它是生產上作為擴大培養用的菌種。母種一般以試管作為容器。按照一定的配方製成斜面培養基。對母種的要求是純度要高。

原種是二級種。原種來自一級種的擴大培養，它是母種和栽培種之間的過渡種。原種是在栽培季節前1～2個月提前製備以供生產擴大為栽培種所準備的。對原種的要求是保持純度，絕對不能有汙染。常採用750毫升、透明度較高的玻璃瓶作為培養容器。製作時，將母種（斜面菌種）接入滅菌的瓶裝麥粒、木屑、糞草等培養基內進行培養。

原種的制種量較少，必須進一步擴大制種量，獲得直接用於生產的菌種，稱為栽培種，也是三級種。栽培種是將原種接入滅菌的瓶裝或塑膠袋培養基內培養而成的