理藩院，是清朝統治蒙古、回部及西藏等少數民族的最高權力機構，它的前身是蒙古衙門，是後金為了聯絡蒙古而建立的機構，意在聯絡蒙古滅了明朝，直取中原，“取燕京如伐大樹，須先從兩旁斫削，則大樹自僕”。在清朝建立後，改為理藩院。它的主要職責為“掌外藩之政令，制其爵祿，定其朝會，正其刑罰，尚書、侍郎率其屬以定議，大事上之，小事則行，以布國之威德”。由此可見理藩院的行政地位，它能處理不少藩部的大事，並且理藩院的用地方的官員來管理地方，但清朝管理藩部不僅僅有理藩院，它有著多種制度。

從乾隆時期開始，在藩部設有駐防將軍、大臣制度，這不是對理藩院的削弱，兩者的建立都是中央為了加強對地方的控制，駐防將軍能夠平定地方的不滿情緒。乾隆以前，清朝在蒙、藏、疆及青海各地，僅設右衛將軍、熱河總管、駐藏大臣、青海辦事大臣、定邊左副將軍4處駐防。到乾隆時期，清朝的駐防極具擴張，分別沿西、北兩路在藩部地區密集設定將軍、大臣，增加到23處駐防，這體現了中央對少數民族地區加強了管理力度。

理藩院是清朝管理藩部的重心，開創了管理少數民族地區的先例，並且它是中央用地方精英來管理地方，這是藩部管理的重心，而駐防將軍則是中央透過自上而下的手段直接管理藩部地區，強化了中央對藩部的控制。