原核生物與真核生物都具有的細胞器是核糖體。

真核生物與原核生物的根本性區別是前者的細胞內含有成形的細胞核，因此以真核來命名這一類細胞。許多真核細胞中還含有其它細胞器，如線粒體、葉綠體、高爾基體等。

原核細胞功能上與線粒體相當的結構是質膜和由質膜內褶形成的結構，但後者既沒有自己特有的基因組，也沒有自己特有的合成系統。

真核生物的植物含有葉綠體，它們亦為雙層膜所包裹，也有自己特有的基因組和合成系統。與光合磷酸化相關的電子傳遞系統位於由葉綠體的內膜內褶形成的片層上 。

原核生物中的藍細菌和光合細菌，雖然也具有進行光合作用的膜結構，稱之為類囊體，散佈於細胞質中，未被雙層膜包裹，不形成葉綠體。

擴充套件資料：

原核生物細胞能進行有氧呼吸。有的原核生物，如硝化細菌、根瘤菌，雖然沒有線粒體，但卻含有全套的與有氧呼吸有關的酶，這些酶分佈在細胞質基質和細胞膜上，因此，這些細胞是可以進行有氧呼吸的。利用細胞膜和細胞質的酶系進行有氧呼吸。

第一個階段發生的場所在細胞質內，產生的丙酮酸進入三羧酸迴圈，被徹底氧化生成CO2和水，同時釋放大量能量.因其呼吸鏈組分在細胞膜上，所以主要在細胞膜上進行。

有的原核生物如產甲烷桿菌等，沒有與有氧呼吸有關的酶，因此，只能進行無氧呼吸。總之，大多數原核生物能進行有氧呼吸。