雲之彼端劇情：第二次世界大戰以後，因對戰爭的不同思想，日本被分為南北兩個地域來統治。在尤尼恩統治下的北海道被建立在一個謎一樣的“巨塔”裡，暗中進行某種計劃。而在美軍所佔領的日本本州，還沒有人知道那座塔的真實目的。從海峽中間望去，可以更加清楚地看見那裡的“巨塔”。對“巨塔”一直抱有未知的憧憬和敬畏的青森縣少年藤澤浩紀和白川拓也一直希望依靠自身的力量飛到“巨塔”上去，於是利用了軍隊留下的廢品，在山裡戰後遺蹟中組裝了一駕小型飛機。同時對“巨塔”感興趣的還有和他們同年紀也是共同喜歡的女孩澤渡佐由理，他們三人都覺得如果不去接觸“巨塔”以後再也不知道什麼時候才能接觸它了。

可這時佐由理因為沉睡而移送到了位於東京的醫院中，說不出的空虛和寂寞讓兩人失去對飛機和“巨塔”的幹勁，放棄了夢想的行動，浩紀考進東京的高中，拓也繼續留在青森的高中就學，彼此在各自的道路上越走越遠。多年以後，在東京生活著喪失目標的浩紀不知從何時開始頻繁地夢見佐由理，無意中他得知佐由理從那年的十五歲夏天開始就患了原因不明的記憶障礙症，一直在醫院裡沉睡。

浩紀決心將佐由理從永恆的睡眠中拯救出來，同時請在政府大樓工作的拓也幫忙，他們漸漸地發現佐由理和‘巨塔’之間存在著許多隱藏的秘密，只要他們靠近這些秘密兩者就會產生排斥。同時世界的局勢呈現惡化，各國開戰的危機迫在眉睫。 浩紀和拓也最終陷入了“拯救佐由理還是拯救世界”的矛盾之中。

他們想依照當年的約定，並站在下課後約定的地方見面。