明洪武二十五年（ 1393年），瞿曇寺建成，明太祖朱元璋書匾賜名“瞿曇寺”。瞿曇寺是 一個佛教寺院，位於青海省樂都縣城南。瞿曇是釋迦牟尼的族姓，釋迦牟尼為印度佛教的創 始人。朱元璋之所以青睞本寺，除了他本身崇信佛教外，還與寺內主持有關。

明初，有一位西藏高僧，人稱三羅喇嘛，從西藏來到青海湖海心山上靜修，後來又在樂 都南山弘揚佛法，聲望越來越高。

1392年，朱元璋派兵前往青海北部一帶追剿元兵殘部，當 地藏族人不明情況也跟著四處逃竄，造成混亂的局面。這時，三羅喇嘛憑藉在當地的威望寫 信招撫，結果藏族部眾歸順了明王朝。這件事不但使得青海地區結束了改朝換代造成的混亂 局面，也使朱元璋意識到了以三羅喇嘛為代表的宗教勢力的影響之大。

1393年，三羅喇嘛到南京進貢，並請求對他的寺院給予護持和賜名，其實這個寺院在當 時來說僅是一座小小的佛堂而已，然而當時極力推重佛教的朱元璋卻欣然應允，並且很快下 令籌款建寺。寺院建成後朱元璋親自賜名瞿曇寺，封該寺的開創者三羅喇嘛桑傑扎西為西寧 僧綱司都綱，即西寧衛的宗教首領。

自建寺以來，繼幵國皇帝朱元璋之後，瞿曇寺受到明王朝歷代皇帝的高度重視，明13代皇帝中便有7位皇帝給瞿曇寺下達敕諭，賜匾額、修佛堂、立碑記，並頒給金、銀、象牙圖 章和封西天佛子大國師等。

瞿曇寺是樂都南山地區最大的寺院，是中國西北地區儲存最完整的一組明代建築群，因 其總體佈局與北京故宮極其相似，故人常稱“小故宮”。