理藩院是清代管理蒙古、回、藏等少數民族事物的中央機構。清朝統治者一向重視與蒙古人的關係，於崇德元年(1636年）專設蒙古衙門，三年六月，改稱理藩院，屬禮部。清軍入關後，理藩院成為清政府專設的處理各少數民族事務的專門機構，其官制同六部，設有尚書、侍郎。 清統治者透過理藩院加強與各少數民族的聯絡，拉攏他們。康熙年間，修訂《理藩皖則例》，用法規固定了對少數民族地區統治的各項措施。理藩院有旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑六個清吏司，分掌部界、封爵、設官、戶口、耕牧、賦稅、兵刑、交通、會盟、朝貢、貿易、宗教等項。 所屬有內館、外館、俄羅斯館及蒙古官學、唐古特學、託忒學等單位。理藩院派有司員、筆帖式官員常駐少數民族地方，處理特定事務。為防止其坐大，定期輪換。另外，理藩院有時還出面接待附屬國及其他外國使臣。理藩院雖然權力不大，但其在清政府的政權機器上是一個相當重要的部件。 光緒三十八年（1906年），理藩院改為理藩部。

理藩院是清朝政府統治蒙古，回部及西藏等少數民族的最高的權利機構。其中也包括早期的一些對俄羅斯的外交事宜。

理藩院設有六司：旗籍清吏司，王會清吏司，典屬清吏司，柔遠清吏司，徠遠清吏司，理刑清吏司。六司掌爵祿，朝貢，定界，官制，兵刑，戶口，耕牧，賦稅，驛站，貿易，宗教等政令。

並設有，內館，外館，蒙古學，唐古特學，託忒學，俄羅斯學，木蘭圍場，喇嘛印務處，則例館等機構。

清政府透過理藩院，對邊疆少數民族在行政，軍事，司法，外交，宗教等等方面進行了一定的統治，並且使清政府有了統一管理藩屬家務的機構。對清政府的統治是有重大意義的。

1，理藩院的設立及對少數民族的管轄對清軍入關及其之後統一全國起到不可忽略的作用。

2，理藩院促進和鞏固了清代多民族國家的發展。

3，理藩院在清朝前其充分發揚了大國本色，抵制沙俄的侵略擴張，維護了清朝的國家主權和統一。

4，理藩院的民族立法為清朝管理邊疆地區提供了法律依據。