這個問題要分兩方面來分析：

凌波麗的主要作用是被當做“莉莉絲的靈魂容器”，之所以把莉莉絲的靈魂抽出來，是防止本體完全再生之後失控。但也有更重要的作用，碇源渡想要控制莉莉絲，來完成自己重新見到唯的計劃。

所以碇源渡下令用殘留在LCL溶液中的碇唯的DNA，製造了綾波麗，並不斷用自己的方式來關愛她，成為了她內心的全部。之所以選用碇唯的複製體，也算是因為老碇睹物思人，給自己留了個念想。

其實更重要的原因是來自庵野秀明的惡趣味。

庵野秀明在採訪中正面回答過這個問題。他在創作《EVA》時，受到了村上龍所著作的小說《愛與幻想的法西斯主義》的影響，甚至連“鈴原東治”和“相川劍介”這兩個角色的名字都是從小說裡面照搬的。小說中有更加露骨設定，男主角殺死了大臣（代表父親），踐踏了日本（代表母親）。

庵野的原話是：“我用EVANGELION這種形式進行了替換。真嗣真正的母親是初號機，綾波麗就是和他同齡的“母親”。他原本的父親也在，另一個父親就是掌控全域性的亞當。EVA講的就是在這種多重構造中的戀母情結。這就是我想做的的東西。”

所以也有類似明日香代表戀人，綾波麗代表母親這樣的解讀。在劇場版真心為你中，綾波麗背叛了碇源渡，遵從了碇真嗣的意志，為這段複雜的關係畫上了句點。

仔細一想，《EVA》的整個故事都是圍繞著父子之間“爭奪碇唯”這個情節展開的，什麼打使徒、對抗SEELE，都是在給這個目的製造契機。如果沒有綾波麗，如果綾波麗不是碇唯的克隆，這一切也就無從談起了。

這個問題，就像是在問：“為什麼唐僧要到西天取經”？（開花！）

因為這就是故事的主線，主幹，主要矛盾。故事的起承轉合全部都是因此而生。

EVA之所以奉為神作，其劇情是之一，如果是一般的戰鬥番，綾波麗可以是隨便一個克隆體，只要講述他的悲慘就好。順便給男主的後宮+1.

然鵝，碇真嗣駕駛的EVA初號機，內含著男主媽唯的靈魂（唯在eva同步實驗室消失（死亡）靈魂封入了eva體內）這一操作就造就了故事主題《人類補完計劃》與“唯”有著密不可分的關係。

此外，碇源堂製造綾波麗的目的，就是為復活他老婆，似乎不用動腦子就能想到克隆是唯一的方法……整部eva動畫也是在講碇源堂，如何一步一步復活老婆的計劃，所有人都只是一個棋子，正是因為eva體內是唯的靈魂，因此要唯的兒子來駕駛才能共鳴，此前碇源堂也有計劃讓綾波麗來實驗，可是效果不行。（如果當年實驗犧牲的不是唯，而是博士的母親，那麼綾波麗就是博士母親的克隆嘍）

然後，男主喜歡上綾波麗，然鵝綾波麗是男主媽，又是男主老爸的老婆，這樣一部倫理大戲，看著不爽？

因為這是一個關係到劇情發展的人物設定罷了，一個故事裡每個角色都有他自己的設定，所以不要想太多，順便補充一句：真嗣喜歡的是明日香。