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一級保護動物

哺乳綱：蜂猴（所有種）、熊猴、臺灣猴、豚尾猴、葉猴（所有種）、狼（所有種）、金絲猴（所有種）、臂猿（所有種）、馬來熊、大熊貓、紫貂、貂熊、熊狸、雲豹、豹、虎、雪豹、儒艮、白鰭豚、中華白海豚、亞洲象 、蒙古野驢、西藏野驢、Mustang、野駱駝、鼷鹿、黑麂、白唇鹿、坡鹿、梅花鹿、豚鹿、麋鹿、野牛、野犛牛、普氏原羚、高鼻羚羊、扭角羚、臺灣鬣羚、赤斑羚、塔爾羊、北山羊、河狸、藏羚

鳥綱：短尾信天翁、白腹軍艦鳥、白鸛、黑鸛、朱䴉、中華秋沙鴨、金雕、白肩雕、玉帶海雕、白尾海雕、虎頭海雕、擬兀鷲、胡兀鷲、細嘴鬆雞、斑尾榛雞、雉鶉、四川山鷓鴣、海南山鷓鴣、黑頭角雉、紅胸角雉、黃腹角雉、灰腹角雉、虹雉（所有種）、褐馬雞、藍鷳、黑頸長尾雉、白頸長尾雉、黑長尾雉、孔雀雉 、綠孔雀、黑頸鶴、白頭鶴、丹頂鶴、白鶴、赤頸鶴、鴇（所有種）、遺鷗

爬行綱：四爪陸龜、黿 、鱷蜥、巨蜥、蟒、揚子鱷

魚綱：新疆大頭魚、中華鱘、白鱘

珊瑚綱：紅珊瑚

腹足綱：庫氏硨磲

頭足綱：鸚鵡螺

昆蟲綱：中華蛩蠊、金斑喙鳳蝶

腸鰓綱：多鰓孔舌形蟲、黃島長吻蟲

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二級保護動物

哺乳綱：短尾猴、獼猴、藏酋猴、穿山甲、豺、黑熊、棕熊（包括馬熊）、石貂、水獺（所有種）、小爪水獺、斑林狸、小靈貓、大靈貓、草原斑貓、荒漠貓、叢林貓、猞猁、兔猻、金貓、漁貓、其他鯨類、麝（所有種）、河麂、馬鹿（包括白臀鹿）、水鹿、駝鹿、黃羊、藏原羊、鵝喉羚、 鬣羚、斑羚、岩羊、盤羊、海南兔、雪兔、塔里木兔、鰭足目（所有種）、巨松鼠

鳥綱：角鸊鷉、赤頸鸊鷉、鵜鶘（所有種）、鰹鳥（所有種）、海鸕鷀、黑頸鸕鷀、黃嘴白鷺、巖鷺、海南虎斑鳽、小葦鳽、彩鸛、彩䴉、白琵鷺、黑臉琵鷺、紅胸黑雁、白額雁、天鵝（所有種）、鴛鴦、其他鷹類、隼科（所有種）、黑琴雞、柳雷鳥、巖雷鳥、鐮翅鳥、花尾榛雞、雪雞（所有種）、血雉、紅腹角雉、藏馬雞、藍馬雞、黑鷳、白鷳、原雞、勺雞、白冠長尾雉、錦雞（所有種）、灰鶴、沙丘鶴、白枕鶴、蓑羽鶴、長腳秧雞、姬田雞、棕背田雞、花田雞、銅翅水雉、小杓鷸、小青腳鷸、灰燕鴴、小鷗、黑浮鷗、黃嘴河燕鷗、黑嘴端鳳頭燕鷗、黑腹沙雞、綠鳩（所有種）、黑頦果鳩、皇鳩（所有種）、斑尾林鴿、鵑鳩（所有種）、鸚鵡科（所有種）、鴉鵑（所有種）、灰喉針尾Swift、鳳頭Swift、橙胸咬鵑、藍耳翠鳥、鸛嘴翠鳥、黑胸蜂虎、綠喉蜂虎、犀鳥科、白腹黑啄木鳥、闊嘴鳥科（所有種）、八色鶇科（所有種）

爬行綱：地龜、三線閉殼龜、雲南閉殼龜、凹甲陸龜、蠵龜、綠海龜、玳瑁、太平洋麗龜、稜皮龜、山瑞鱉、大壁虎

兩棲綱：大鯢、細痣疣螈、鎮海疣螈、貴州疣螈、大涼疣螈、細瘰疣螈、虎紋蛙

魚綱：黃唇魚、松江鱸魚、克氏海馬魚、胭脂魚、唐魚、大頭鯉、金線䰾、大理裂腹魚、花鰻鱺、川陝哲羅鮭、秦嶺細鱗鮭

頭索綱：文昌魚

腹足綱：虎斑寶貝、冠螺

瓣鰓綱：大珠母貝、佛耳麗蚌

昆蟲綱：偉鋏叭、尖板曦箭蜓、寬紋北箭蜓、中華缺翅蟲、墨脫缺翅蟲、拉步甲、碩步甲、彩臂金龜（所有種）、叉犀金龜、雙尾褐鳳蝶、三尾褐鳳蝶、中華虎鳳蝶、阿波羅絹蝶