說旗艦，就要說到旗，說到旗，就要說到通訊。

在無線電通訊應用技術之前，在軍事資訊傳遞方面，人類想盡了一切辦法傳遞軍事資訊，如烽火戲諸侯裡，透過點燃草料發出狼煙傳遞資訊；如使用驛站系統，八百里加急，透過馬匹傳遞資訊；如飛鴿傳書，使用信鴿傳遞資訊。

隨著船隻應用於軍事，成形真正意義上的海軍，海軍船隻同樣面臨著軍事資訊和指揮意圖的資訊傳遞，在陸地上可以騎馬送信，要靠小船在大船之間來回劃，傳遞資訊就有點不切實際了。

所以聰明的人類就想到了憑藉肉眼分辨視覺化的符號傳遞資訊，將符號、顏色、形狀、排列組合規則等視覺化資訊提前賦予相應的含義，一般都是在很大的布匹上，只要打出就能，資訊接受方就能明白其含義。因為看起來很像各種各樣的旗子，所以就稱之為旗語。

據史書記載，鄭和下西洋的龐大船隊中，便已經有了旗語通訊——“晝行認旗幟，夜行認燈籠，務在前後相繼，左右相挽，不致疏虞。”白天懸掛和揮舞各色旗帶，組成相應旗語，夜間就使用燈籠，在能見度差的時候，還有可以發出聲音的樂器來配合使用。

所以不同的旗有不同的作用，識別、通訊、禮儀。其中主官旗，是表示國家武裝力量高階將領、海軍各級主官職位的旗幟。通常設有：國家武裝力量最高統帥旗、國防部長旗、武裝力量總參謀長旗、海軍司令旗、艦隊司令旗、艦艇編隊司令旗、海軍將官旗等主官旗。一般懸掛於艦艇主桅頂，表示有相應職務的主官登上該艦。艦艇編隊中升掛主官旗的軍艦為編隊指揮艦，表明其對整個艦隊的指揮權，因為代表指揮權的旗幟懸掛，所以會稱之為旗艦。

因為搭載有指揮人員的艦艇，會將代表指揮官的旗幟懸掛在桅杆上，所以被稱之為旗艦。

勝利號戰列艦

旗艦（也叫指揮艦），它是海軍艦艇編隊的海上指揮所，或者是艦艇編隊司令官所乘坐的艦隻。根據海軍傳統，搭載有指揮官或者是司令官的艦艇，會將代表指揮官或者司令官的旗幟（例如中將旗等等），懸掛於該艦的主桅杆，旗艦這一稱呼，就是從這裡來的。

長門號戰列艦

在早期風帆戰艦時代，軍艦以大取勝，另外指揮官與其相關人員也需要較大空間進行作戰計劃和作戰會議的討論，所以在這一時期，指揮官通常搭乘的是艦隊中最大的軍艦，一般是固定的，不出什麼意外的情況下（例如被擊沉，或者是比它更大的艦艇出現），一般是不會變動的。

大和號戰列加

20世紀以後，旗艦一般也是選用艦隊中最大的艦艇。例如舊日本海軍聯合艦隊，在大和號戰列艦出現之前，聯合艦隊的旗艦一直是長門號戰列艦擔任，到1941年大和號戰列艦服役之後，立刻就取代了長門號成為聯合艦隊的旗艦（居住性更佳）。

提康德羅加級巡洋艦

二戰結束後，由於通訊技術升級，主要水面艦艇都能當成指揮艦來使用。因此艦隊的指揮官逐漸以艦艇編隊中航速最快、指揮技術條件最好（例如通訊方面）的艦艇為旗艦。

一般來說，為保證指揮官的安全，一般是以巡洋艦作為旗艦，而不是最大艦船（例如航空母艦或者是戰列艦）。例如目前美國海軍航母戰鬥群中，指揮艦就不是航空母艦，而是戰鬥群中的提康德羅加級巡洋艦。

參戰海軍部隊最高指揮員所在的軍艦，我們稱之為旗艦。這是沿襲古代西方海軍的傳統稱呼。古時候沒有現在的無線電通訊手段，一個海軍編隊的指揮命令只能透過旗語來實施，當編隊指揮員下達命令後，由其所在的軍艦傳令兵透過旗語發出，別的軍艦透過看旗語來執行。所以現在就習慣了這樣稱之為旗艦。