明代的海運衙門初設於明永樂間，成祖靖難之後，欲遷都北京，但是面臨一個比較大的問題，就是北京城的糧食供給問題，也就是所謂“南糧北運”。永樂五年八月，成祖會群臣廷議海運事，議於蘇州府太倉衛設海道都漕運使司衙門，置左右運使兩員，秩從二品；同知二員，秩從三品；副使四員，秩從四品；此外經歷司經歷，照磨司照磨等屬官均按照布政司衙門設定。各沿海衛所俱屬提調。此議上奏朱棣，其時朝中有異議者，於是成祖再次將此方案複議，最後不了了之。

成祖

正統七年三月，朝中命南京造“洋船”三百五十艘，由海運赴薊州諸倉，在整理相關文牘時，才瞭解到關於海運的討論之前歷任皇帝在位時一直持續討論，後來因為爭議太大，就此不了了之。這時又重新引發了討論。其時朝廷上主流的聲音認為設定海運衙門多有不便，畏難情緒比較大，此事遂多掣肘。大家都怕作出頭鳥，怕出了問題擔責任。

正統皇帝

這種顧慮也並非杞人憂天，比如徐貞明、開墾西北水田本來也是為了增加國家財賦，最後引出了很大爭議，對其仕途也產生了影響。前車之鑑使得當時群臣對更具爭議的海運一事表現的十分謹慎。

雖然海運一事頗多爭議，但是明朝廷的財政危機卻向海運提出了更大的要求。所以就造成了明代朝堂上關於海運的討論不時發生，這有兩個方面的原因，一是海運帶來了大量的經濟利益，一旦財政出現問題，這個建議就經常被提出。但海運牽涉的利益的比較複雜，主事者不願意承擔責任，不敢任事，所以反對的聲音也比較多，所以明代海運之事也是頻頻被搬上廷議。

參考文獻：

沈德符：《萬曆野獲編》

張廷玉：《明史》