麗為了救真嗣而啟動零號機的自毀系統與使徒同歸於盡，而當美里和真嗣之後前往醫院時，在那裡發現還活著的麗，但其自稱是“第三個麗”。美里迫使律子透露NERV的黑暗另一面，EVA墓地以及模擬插入栓系統是使用麗的克隆人來執行的。

明日香因終日抑鬱而陷入昏迷的狀態，新出現的少年渚薰取代她作為二號機的駕駛員。真嗣最初同薰成為好友，但之後發現他其實是最後的使徒。薰同真嗣對戰，之後意識到如果人類要茁壯成長，他自己就必須死，並要求真嗣殺了他。真嗣在猶豫過後最終殺死了薰。

擴充套件資料：

劇情簡介——

突襲世界的大災難“第二次衝擊”後，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。

但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰鬥。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗後，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。

不斷襲來的使徒，身份不明的綾波麗，從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾，14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲色地觀察一切，一個稱為“人類補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實現。