明代各省採取三權分立法，布政使管行政，都指揮使管軍事，按察使管司法。到了後期，各地出現民變，外敵入侵，所以需要統籌管理軍事，因此設定巡撫。

最初巡撫並不是分省設定。清代，為了監控地方防止漢族造反則分省設定巡撫，管理一省軍民，由提督管理軍隊，布政使管理民政，按察使管理司法，但是巡撫利用超然地位侵奪了三司很多權力，實際成為一省掌握者。甚至可以正面對抗總督。

布政使也不是一省最高長官。

明朝朱元璋廢除宰相制後，同時削奪了中央的中書省和地方的行中書省，這樣中央就沒有抗衡皇帝的權力了，同時，地方也不在有行省對抗中央了。

廢除行省後，朱元璋將地方一省之權力三分，相互制衡，

在省裡設有三司，承宣佈政使、提刑按察使、都指揮使，第三個負責指揮軍事，很少參與地方政治，故很少提及。

布政使管地方行政，按察使管理刑獄、監督百官、考核吏治等，算是檢察機關，相當於公檢法、紀委。

這樣其實也很好，跟現在很像，權力分散，不容易集權抗衡中央。但這也有個無法避免的缺陷，那就是如果有戰爭，地方上互相推諉，互相內鬥，拉後腿等，影響地方行政機構的執行效率，

所以在明朝後期，因為戰爭需要，中央派遣官員巡視地方，這就像漢朝的刺史，唐朝的巡查使等，本是監察區，後演變成行政區，成了一級行政機構，巡撫也就成了省裡的最高行政長官，高於布政使等。

本來，在每個朝代初期，地方都會分權，不會吧權力給一個人，這樣防止地方抗衡中央或者搞割據，這樣分權很好，但漸漸的分權的弊端也就暴露了，權力又漸漸集中。

其實，漢朝的刺史、唐朝的巡查使、明朝的巡撫，這都是中央派遣到地方進行監察、巡視、考核地方官的人，級別不高，但職權很大，他們來源都是御史臺等檢查機構，代表皇帝巡視地方，類似於現在某某巡視組，級別低，但行駛皇權，能考核地方官，所以地方官都怕他，漸漸的就成了地方一級行政區劃，漢朝的州、唐朝的道、宋朝的路、元明的省都是如此。

明洪武九年（1376年），朱元璋下令將元代延續下來的行中書省改為承宣布政使司，設立布政使和參政使各一人，掌管所轄地區的民政和財政事務，同時布政使還有將中央釋出的政令傳達到地方的職責，所以叫宣承布政使（相當於現在的副省長及民政廳廳長），洪武十五年（1382年）又將原來的行中書省當中的司法及監察機構分離出來，建立提刑按察使司（相當於現在的省最高法院，省公安廳），設立按察使一人，掌管司法和刑政。又設立都指揮使司，簡稱都司（相當於現在的省軍區司令員），掌管所轄地區的軍政事物。宣承布政使司，提刑按察使司，都指揮使司，合稱三司，三司相互無隸屬關係，統一隸屬中央，這樣三權鼎立又相互制約，有利於中央對地方的統治。巡撫最早出現於明洪武二十四年（1391年），最初巡撫只是巡視地方的臨時性官職，類似於欽差大臣，出任巡撫的也都是文官。宣德五年（1430年）開始實行巡撫制度，將巡撫作為常設官職，經常性的巡視地方，但它卻不是正式的地方最高行政長官。由於明代文官集團勢力的不斷擴大，最初的巡撫只是巡視地方民政事務，後逐漸開始加強對軍事事物的管轄，因三司在巡撫的職權管轄範圍內，所以巡撫雖名義上不是正式的地方最高長官，但卻是實際的地方最高行政長官。由於三司雖三權分立，相互制約，但很多中央下達的政令得不到很好的貫徹執行，權力的矛盾日漸突出，嘉靖年間將巡撫作為地方正式最高行政長官制度設立起來，以加強中央集權的統治。清代延續明代舊制，只是取消了三司中的都司，而由巡撫和總督共同管理軍事事物。