秈稻一般在南方（熱帶和亞熱帶低緯度和低海拔）種植，粳稻多在緯度較高的溫帶或緯度低海拔高的地區種植，因長期生長環境的不同，秈稻和粳稻在株高、植株被毛、種子長寬比、落粒性、耐寒性、種子澱粉類型等方面產生了明顯的差異，目前最常用的鑑別方法是“程氏指數法”，包括6個性狀：稃毛（秈稻一般短而稀，散生在稃面上、粳稻長而密，集生在稃稜上）、酚反應（指穀粒或米粒在1%石炭酸浸澤，秈稻一般會變成褐色甚至黑色，粳稻不變色或較淺）、1-2穗節長、抽穗時稻殼顏色、葉被毛和穀粒長寬比，分別按0、1、2、3、4共5個級別進行評分，以綜合評分作為分類的尺度（如下表）。

程氏指數分為4級，0-8為秈稻，9-13為偏秈稻，14-17為偏粳稻、18-24為粳稻。該法簡單，可基本解決區分秈稻和粳稻的分類難題；不足之處在於判斷週期比較長，形態指標判斷需要一定的經驗。

從判斷形態特徵、生理特徵的經驗上看，隨著育種的進展，秈稻已經選育出不易落粒、葉色深綠、耐肥性好、株型好的品種，所以某些特徵已不適合用來區別秈稻和粳稻，但穀粒開頭和穎毛兩項特徵仍有明顯的差異，秈稻穀粒細長，橫斷面扁平，穎毛短而散生；粳稻穀粒寬而厚，橫斷面圓形，穎毛長而密生。另外，秈稻的米粒強度小，不耐壓，加工米粒易碎，出米率較低，而粳稻米粒強度大，出米率高。

秈稻是南方稻，生長快，成熟快，日照時間短，生成物能量少。粳稻(米)是北方的(天津以北)，日照時間長，營養富，比南米好。