尼羅河流域跨35個緯度，南北較長，固南北氣候也迥然不同，緯度地帶性明顯。同時非地帶性因素（主要是地形）也在一定程度上影響氣候帶的分佈。位於流域東南部的衣索比亞高原，由於地形隆起，氣候出現垂直帶譜，並具有明顯的乾溼季。夏季，北非和阿拉伯半島上空屬低壓帶，東南信風越過赤道轉為西南風，與來自幾內亞灣的溼熱氣流合併為強大的西南氣流，沿高原迎風坡抬升，形成7～9月的“大雨期”。而到了冬季，盛行來自西南亞大陸乾燥的東北風，形成l0月至翌年2月的乾季。到了3～4月時，由於處於低壓中心，從印度洋麵吸引一股溼潤氣流，形成“大雨期”前的“小雨期”。對於位於尼羅河南部，東非高原的西北部地區由於受幾內亞灣溼潤氣流的影響，又加此地處赤道湖區，固太陽輻射強烈，對流旺盛，雨量比較充沛，年平均降雨量達1200～1300mm。該地區的降雨量季節分配也較均勻：月平均降雨量最多時也不會超過180～200mm，最少時也不低於50～60mm，所以沒有明顯的幹、溼季。該區相對溼度為70%，是尼羅河流域的另一個降雨中心。然而對於尼穆萊以北的地區，雨季則逐漸縮短，雨量也遞減，等雨線基本上呈緯向分佈。蘇丹南部雨季出現在4～10月，中北部則限於7～8月。喀土穆年雨量不足200mm，而棟古拉—開羅之間年雨量更在25mm以下，阿西尤特以南經常終年無雨。由於該地段受地中海式氣候的影響，年雨量從25mm漸增至200mm，而降雨多發生在冬季。