乾隆前期，社會階級矛盾雖沒有尖銳化，但人民的反抗鬥爭並沒有停止。民間的秘密組織成為群眾的反清組織，各地秘密傳播的宗教有大乘教、羅教、宏陽教、收元教、長生道等，其中大乘教的傳播最為廣泛，這自然引起了乾隆的高度關注，並決心予以取締。

　　在乾隆的親自監督下，雲南總督張允隨逮捕了6名大乘教要犯，並處死；四川巡撫紀山對大乘教追查不力，多次受到了乾隆的斥責；這充分說明了乾隆帝對取締邪教的強硬態度。到乾隆十一年七月，共捕獲大乘教骨幹人物129人。

　　乾隆十三年，福建發生了老官齋教徒暴動，官府視它為大乘教組織。參加暴動的老官齋教被抓獲300人，其中凌遲1人，立斬49人，立絞6人，絞候1人，發遣88人，枷責99人，罪犯家屬沒為奴發遣19人，共265人，其餘或被監斃，或者自縊。

　　鎮壓山東王倫起義更是血腥。乾隆把起義軍當成是邪教組織，他命令清軍決不手軟，血腥屠殺起義軍。乾隆還認為，即使是脅從，也不能輕宥。被捕的起義軍或被凌遲，或被斬決，趙義軍的家屬有的被殺，有的被沒為奴。王倫的家族，除被誅之外，全部發配到烏魯木齊，王倫的祖墳也先後兩次被刨開。

　　鎮壓蘇四十三起義。乾隆二十六年，安定縣人馬明心，為反對門宦勢力對教民的壓迫與剝削，創立新教，後人蘇四十三掀起了反封建起義。乾隆對新教進行了殘酷的迫害，並宣佈新教和白蓮教一樣是異端，所有新教的教堂，嚴令拆毀，教徒殘造殺害，家屬也被髮往雲南貴州等地。

　　晚年的乾隆整天陶醉在“十全老人”和“天朝上國”的美夢之中，，無視百姓疾苦，人民揹負著沉重的徭役，埋下了乾隆盛世下的禍根，也把這個亂攤子交給了他的子孫後代。