袁崇煥就任薊遼督師後，崇禎帝對他給予厚望，除授其兵部尚書銜外，還親賜尚方寶劍，付其先斬後奏之權，令他統籌全域性。袁崇煥也深感皇帝知遇之恩，向崇禎帝誇下“五年復遼”的海口。因此，袁崇煥的壓力可謂如泰山壓頂。而毛文龍在袁崇煥赴任後，自恃軍功，看不起這個文官出身的統帥，對袁崇煥非常傲慢無理。董卓曾有一句名言，不殺不足以立威。袁崇煥除了需要誅殺毛文龍以立威外，還需要藉此統一遼東的軍事指揮權，以免大戰到來之時各將不服調遣，或各自為戰。這樣很難在處於軍事優勢的後金軍前佔到便宜。從這個層面來看，袁崇煥確實做的沒錯。但毛文龍的死卻沒有那麼簡單，他的死，多半與明朝激烈的黨爭有關。

毛文龍原來在遼東巡撫王化貞屬下任遊擊，王化貞兵敗後，毛文龍繼續在沿海島嶼招收逃亡的漢人，擴充力量，並不時襲擾後金後方，給後金造成不少麻煩。明廷屢次對他封賞，授為總兵，鎮守皮島。毛文龍為了鞏固自己的地位，“輦金京師”賄賂魏忠賢，拜“魏忠賢為父”。毛文龍雖然於國有功，但他依附魏忠賢的作法自然被明朝官僚看成是魏忠賢的黨羽。恰巧毛文龍鎮守皮島，自恃有功，“漸驕恣，所上事多浮誇，索餉又過多，歲百二十萬，朝議多疑而厭之”，“時朝議憂皮島文龍難馭”。而後金也不斷派人誘降毛文龍。這樣一來，毛文龍成了朝中大臣眼中的定時炸彈。袁崇煥被召入京，大學士錢龍錫和他商討遼東局勢時，就準備要殺毛文龍。袁崇煥對錢龍錫說道：“可用，用之，不可用，殺之。”

崇禎二年（公元1629年）六月初，袁崇煥以閱兵為名，來到皮島。五日，邀請毛文龍到山上觀看將士騎射，被預先埋伏好的甲士綁縛。毛文龍不服，袁崇煥歷數他的十二大罪，使之“喪魂魄”，無言以對，最後被尚方寶劍斬之。把原屬毛文龍計程車卒二萬八千人分四協，由毛文龍子承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉興祚分別管領，俱受陳繼盛節制。處理完毛文龍的事情後，袁崇煥就返回寧遠，向朝廷上報誅殺毛文龍的經過，並說：“文龍大將，非臣擅誅，謹席稾待罪。”崇禎帝聽到這個訊息後非常驚訝，但毛文龍已死，現在正依靠袁崇煥，所以，不好責備，還好言讚揚，接著又宣告毛文龍罪，“以安崇煥心”。但毛文龍畢竟官拜總兵，且屢立戰功，即使其罪當誅，袁崇煥也應該先行上奏皇帝，而不應該擅自作主將毛文龍殺了。袁崇煥急於整頓遼東軍務，其心可諒，但他擅殺毛文龍的作法確實讓崇禎帝對他起了疑忌之心。

袁崇煥誅殺毛文龍客觀上來講為後金除去一個勁敵，是一件親者痛，仇者快的事情。毛文龍雖然有罪，但他一直堅持與後金作戰，立場堅定，他的功績不容抹殺。毛文龍被殺後，袁崇煥並沒有妥善處理好善後事情，皮島軍心渙散，有的將領如清廷所封三藩中的二王孔有德、尚可喜等便投降了後金。

建議看看《竊明》，那本小說雖然帶了作者個人偏見主義，但總概括了毛文龍八年來的功績。他袁崇煥不過打了兩場勝仗，憑什麼殺毛文龍？！朝廷一年耗資四百萬兩的關寧軍，才控制多大點地盤？！（儘管地形不同，但關寧軍才幹了些什麼業績？）

袁崇煥是後金的奸細，這個已經有過定論了還有什麼可討論的？無論什麼原因，袁崇煥一個督師有什麼資格擅自去處理軍區的司令員呢？這不是平時，這是戰時，在戰時，隨便換主將都是天大的事情，皇上都不敢這麼隨便，他一個督師怎麼能有這個膽量呢？作為督師，是代表皇上代表朝廷來督師的，不是代表自己，他有什麼資格擅自抓捕？而且還殺了？這是皇上和朝廷的意思嗎？有沒有問過皇上？古代就是殺個平民百姓普通罪犯縣令也得上報州府，州府上報刑部的。他袁崇煥就直接把毛文龍給殺了，這他媽的如果不是敵人給撐腰，誰敢這樣做？