北洋新軍從建立開始，所有軍官都是由袁世凱一手提拔，基本上都是自己的親信。再者，袁世凱仗義疏財，對北洋軍將士十分大方，加上治軍有方，贏得北洋全軍的擁戴。

才用收買打壓等各種手段，把北洋六鎮主要軍官全換成忠於自己的人同時在軍隊中洗腦，兼施恩威，使軍隊首先認同袁世凱的絕對領導權，其次才是朝廷，這樣袁世凱就把北洋六鎮新軍牢牢抓在自己手裡，成為自己起家的本錢，袁世凱也成為一個近代軍閥的始作俑者……

甲午中日戰爭之後，清政府開始試辦新軍，命令廣西按察使胡燏棻編練新軍。胡燏棻編練的新軍被命名為“定武軍”，兵力約4750人。胡燏棻被調離之後，袁世凱開始在天津小站繼續編練新軍。後來袁世凱在定武軍的基礎上將人數擴大到7000人，並被命名為“新建陸軍”。1898年之後，袁世凱的新建陸軍歸榮祿節制，並被編為“武衛右軍”。八國聯軍侵華時，袁世凱的武衛右軍按兵不動，人數擴大到一萬多人。

《辛丑條約》之後，李鴻章去世，袁世凱繼任李鴻章當上了直隸總督兼北洋大臣。

在全國編練新軍的背景下，從1902年到1904年，袁世凱以武衛右軍為基礎，進行了“北洋常備軍”的編練。1904年北洋常備軍在袁世凱的督促之下編練成軍，各級的軍官皆為從小站練兵就跟隨袁世凱的老部下。北洋常備軍分為左右兩鎮，兩鎮合併為一個軍。袁世凱又在北洋常備軍的基礎上編練了5個鎮和1個京旗常備軍。其編練過程如下：

1、1902年開始編練北洋常備軍左鎮，1904年改為北洋常備軍第一鎮，後改為北洋陸軍第二鎮，統制為王英楷。

2、1903年袁世凱將裁撤的舊軍編練成北洋常備軍右鎮，後來改為北洋常備軍第二鎮，後改為北洋陸軍第四鎮。統制為吳長純。

3、1904年袁世凱將招募的新兵編練成北洋常備軍第三鎮，後改為北洋陸軍第三鎮。統制為段祺瑞。

4、1905年經練兵處所奏，袁世凱將駐京的武衛軍及北洋常備軍第三鎮的一部分編練成北洋常備軍第四鎮，後改為北洋陸軍第六鎮。統制為王士珍。

5、1905年袁世凱編練成北洋常備軍第五鎮，後改為北洋陸軍第五鎮。統制為吳長純。

6、1903年袁世凱奉命編練京旗常備軍，1905年編練成軍。該鎮主要是八旗兵丁，貴族鐵良為會辦，後改為北洋陸軍第一鎮。統制為何宗蓮。

袁世凱除了是直隸總督兼北洋大臣之外，練兵處成立之後還擔任了會辦大臣。因此，北洋六鎮中的五鎮在成軍的過程中其實際權力全部掌握在以袁世凱為首的小站集團的手裡，北洋新軍只知有袁宮保、不知有朝廷。

庚子戰敗，清廷開始了新一輪的軍事改革。1903年11月，練兵處成立，慶親王奕劻任總理，直隸總督袁世凱任會辦，兵部侍郎鐵良為襄辦。練兵處成立以後，奕劻以自己老邁多病，所有練兵處各項公務請袁世凱和鐵良悉心經營，實際掌控者則是袁世凱，練兵處的官員也都是袁世凱的心腹部屬。

1905年，北洋六鎮新軍正式成立，其中第一鎮為京旗常備軍，第二、三、四、五、六鎮由原來的北洋常備軍改編而來。在這六鎮裡，第一鎮為旗兵營，第五鎮在山東，所以只有第二、三、四、六鎮與袁世凱關係緊密，這四鎮都是由袁世凱的武衛右軍改編而來。但是這六鎮的營官大多來自小站集團，所以袁世凱對六鎮的影響力。

新軍練成之後，鐵良就開始與袁世凱爭奪軍權。1906年清廷進行新政改革，成立陸軍部，在慈禧的支援下鐵良擔任陸軍部尚書，兵權轉入鐵良手中。但是袁世凱的親信仍舊在北洋新軍中擔任著重要職務，仍以袁世凱馬首是瞻。所以當辛亥革命起，清廷無人難以調動北洋新軍，唯有重新起用袁世凱。