1、番茄在低溫下，成熟過程減慢，可以防止腐爛；但也會影響 番茄 的 口味 。 番茄 特有的香氣主要是由糖分、 酸和揮發性化合物形成， 在 成熟過程中產生了大量可揮發性化合物，是香氣的主要來源。然而這些揮發性化合物不 像糖和酸會儲存在 番茄 中，採摘後，它們會透過與枝幹斷開的傷口處揮發。然而低溫，則會抑制 番茄 中這些揮發 性化合物的產生，導致 番茄 變的平淡無味。

2、冷藏過的 番茄 口感及其特有的香氣明顯下降，即使在室溫下再儲存幾天，也很難恢復原有口感和香味。

3、冷藏的番茄中，數百個基因的表達量下降，引起了一連串的變化，從冷訊號基因到新陳代謝、成熟、揮發性化合物 合成等基因。同時，低溫也引起了甲基化變化。

4、低溫不僅僅能引起人和動物感冒， 番茄 也會 “ 感冒 ” ，導致自身能量流失，新陳代謝減緩，揮發性化合物合 成速度減慢。

儲存番茄的方法如下：

1、常溫下儲存 將番茄蒂朝下襬放在室溫下儲存，能防止空氣進入番茄，也能防止番茄中的水分從蒂的疤痕處散發，能儲存大概1周左 右。

2、塑膠袋儲存 將完整的五六分熟的番茄，放進塑膠食品袋中，紮緊口，放置在室溫陰涼處。並且每天開啟袋子1次，通風換氣5分鐘 左右，如果塑膠袋中有水，可以用毛巾擦乾或換一個塑膠袋。

3、製作番茄醬儲存 將番茄洗乾淨切成塊狀放進大口瓶中，把瓶子放在蒸鍋裡隔水煮20分鐘，蓋子乘熱蓋緊，取出晾涼後存放在陰涼處。

番茄隨意放在冰箱裡面，放在冰箱裡面的番茄肉質會呈現水泡狀，這樣的番茄不單單是口感變得不好就連味道也會不好，所以番茄放在室內就可以，

專家表明，西紅柿放進冰箱之後是會被凍到變色、凍壞，吃了之後對身體有害。而且西紅柿這種蔬菜，其中含有大量的抗氧化成分和維生素，葉酸等，儲存到冰箱只會損失更多的營養價值.

醫生的話一語道破，據說家中冰箱的冷藏儲存保鮮溫度一般在3-5℃左右，在這個溫度下西紅柿根本不會被凍的變色，更不會被“凍壞”。這裡不讓大家把西紅柿放冰箱，不是強烈要求，而是建議大家。據說西紅柿不放冰箱的口感或者營養價值會比較高，而低溫會影響西紅柿中風味物質的產生，所以不建議將西紅柿放入冰箱保藏。

一些食物是註定不能被放在冰箱裡的，比如西紅柿。正如一些消費者早就知道的，將西紅柿冷藏起來會永久性地損害它們的味道。不過，箇中原因一直不得而知。對為何會出現這種情況的新見解或許有一天能幫助人們開發出在冷藏儲存期間也能保持原有味道的西紅柿品種。由來自美國佛羅里達大學的Harry Klee領導的團隊透過研究兩個西紅柿品種中2.5萬餘個基因的表達，全力探究了該問題。他們分析了西紅柿在冷藏前、冷藏期間以及將它們重新放回室溫時這些基因的表達情況。

對於西紅柿等熱帶植物來說，冷藏是一種巨大的壓力，因為這會減少上百個基因的活性。其中一些基因產生負責合成揮發性化學物質的酶，而這些揮發性物質讓西紅柿嚐起來更甜，並且賦予它們更加複雜和吸引人的氣味。

研究發現，很多酶從未得到恢復，即便是在西紅柿被重新放回室溫下之後。口感測試證實，冷藏的確會導致西紅柿變得沒有那麼可口。

進一步的分析表明，冷藏導致DNA甲基化發生改變，從而影響到很多基因。Klee表示，由於甲基化是一種長時間開啟和關閉基因的常見機制，因此這或許解釋了冷藏對味道產生的長久影響。此項研究日前發表於美國《國家科學院院刊》。

有了這些知識，育種者或許能修改對溫度敏感的酶，使其變得更加強大，或者選擇擁有天生較少受到寒冷制約的基因變異體的西紅柿品種。