上過濾

優點：上過濾適合小型的魚缸，它具有結構簡單，易操作，省空間的優點。上過濾的維護工作（清洗過濾棉等）也很方便。由於上過濾的泵直接放在魚缸裡，所以不必擔心水泵因缺水而燒電機。

缺點：由於在魚缸上部放置，所以設計的很小巧，但是這也讓上過濾的過濾效能大大降低，不能很好的服務於魚。而且要勤洗過濾棉，如果過濾棉阻塞的話，水會泱出來，後果不堪設想。

下過濾

優點：下過濾系統被隱藏在底櫃中，不會影響魚缸的美觀。而且底濾的過濾倉很大，有一個良好的過濾系統，讓魚兒更歡快的成長。底濾的螺旋式落水設計，讓水流聲降到最低，減少了魚缸的噪音給人們帶來的煩擾。

缺點：由於底濾被安置在底櫃中所以不易清洗過濾倉。過濾倉都有水位顯示，特別是放水泵的倉，水因蒸發而逐漸減少，會有燒水泵的危險。所以要勤觀察，切記切記。

以下供參考當然是底濾好。上濾是靠水泵把魚缸的水抽上過濾盒過濾，只有水泵吸到的部分才過濾得到，而且上濾過濾盒容量小，能放的濾材有限。底濾是在魚缸底部開一個圓孔，魚缸底部雜質很容易藉由下水口自然流到底櫃的過濾箱。底濾的過濾箱容量是上濾過濾盒至少十幾倍大，可放置的濾材更多，過濾效果自然好。