迄今為止，肺孢子菌肺炎仍是中國艾滋病患者最常見的致死原因，仍是很多艾滋病患者最常出現的機會性感染，這是因為中國很多感染者對艾滋病仍然不夠了解，很多高危人群不知道需要篩查HIV感染者狀況，知道出現機會性感染才知道自己感染了艾滋病，甚至才聽說艾滋病這種疾病。

很多醫生包括一些專家仍然稱呼肺孢子菌肺炎為卡是肺孢子蟲肺炎，但是這裡有兩個錯誤，一個是導致人類肺孢子菌的肺炎的病原體，現在歸類為真菌，不是原蟲。第二也不是卡氏，導致人類肺孢子菌肺炎的是伊氏肺孢子菌。

最初是一個叫做Carlos Chagas的學者，在1909年在感染錐蟲的荷蘭豬肺內發現了一種原生動物， Carini於1910年證實了此發現，認為這是另一種錐蟲，2年後Trypanozoma lewisi．Delanoe夫婦研究證實這是一種新的原生動物，為了紀念Carini，人們將它命名為卡氏肺孢子蟲(Pneumocystis Carinii)，簡稱為PC。在形態學上PC類似原蟲，而且也對殺原蟲藥物噴他脒有效，長期以來被劃歸為原蟲。

在20世紀50年代，Vanek和Jirovec首次從人類肺炎患者屍體的肺組織中分離到該病原體，並將該病命名為卡氏肺孢子蟲肺炎。後有學者發現感染人的和感染動物的肺孢子蟲不同，感染人類的肺孢子蟲是耶氏，而卡氏肺孢子蟲只感染一些動物，不會感染人類。

隨著分子生物學的發展，1988年Edman等的研究結果顯示肺孢子蟲的核苷酸序列與釀酒酵母菌的同源性高，肺孢子蟲基因及其編碼的蛋白與真菌基本相同心，有學者將PC與其他38種真菌的分子進化樹進行比較，證實PC為真菌中獨立的一屬，同源性介於子囊菌和擔子菌之間。此後，PC多種功能蛋白編碼基因相繼被克隆，核苷酸序列分析結果均顯示其與真菌非常接近，所以現在一致同意將PC歸屬真菌其後學者的研究也證實了上述結果，並逐漸將肺孢子蟲歸為真菌。

2001年國際原生生物會議根據國際植物學命名的規定，將感染人的肺孢子蟲更名為Pneumocystis jirovecii,根據桑德福熱病指南，翻譯jirovecii為伊氏，部分威文獻翻譯為耶氏。現在很多文章稱為卡氏肺孢子菌或者卡氏肺孢子蟲都不準確，不過英文病沒有蟲和菌的區別，國內很多專家經常混用蟲和菌並不會引起什麼歧義，大但是普通群眾可能會誤解菌和蟲的區別。

第八版的傳染病教科書稱之為人肺孢子菌，沒有強調卡氏、耶氏、伊氏的稱謂，2015艾滋病指南也只說“肺孢子菌肺炎（PCP），都回避了具體名稱，很多臨床醫師不瞭解命名變化。

肺孢子菌肺炎的英文縮寫仍為PCP(pneumocystis pneumonia)，所以說PCP通常沒有人誤解。

首先，這是一種常見的機會性感染的病原體，病原體顧名思義是可以致病的物種，包括細菌、真菌、病毒、支原體、衣原體、立克次體、螺旋體以及寄生蟲這些種類（注意哪些名字帶“菌”，哪些名字帶“蟲”）。

最開始發現這種病原體的時候，從形態學分析，認為它是一種原蟲，即寄生蟲的一種，被命名成了 “卡氏肺孢子蟲/卡氏肺囊蟲”（注意，認為它是一種“蟲”）。再後來透過核酸序列分析發現這種病原體屬於真菌，改稱為“卡氏肺孢子菌”（認為它是一種“菌”）。再後來發現最初發現的這種病原體有明確的種屬特異性，即感染人的不能感染老鼠，感染老鼠的不能感染人，而最初發現的“卡氏肺孢子菌”只能感染鼠，感染人的是另一種叫做“耶氏肺孢子菌/伊氏肺孢子菌（音譯，不用太在意）”