中醫是根據症狀預防及治療疾病，而西醫是根據病情而用藥物治療。而中醫藥物方劑對人體副作用較少，西醫藥物對於疾病治療毒副作用較大。因為藥物療效越好毒副作用越大。中醫治病是辯證調理藥物配伍根據症狀進行變化。而西醫是根據病情治療用藥，藥物運用有侷限性。中醫治療診斷用望聞問切，而西醫用的視觸叩聽。中醫治療方法也多樣化，針灸推拿中藥調理。而西醫用化學藥品和手術治療。對於治療有時也需要中西醫的結合，由於患者的心理而形成對於治療的看法，所以心理治療也是必不可少。

中醫與西醫治療的區別在於:禾苗發黃了西醫就讓你猛追肥(結果產生肥害，禾苗會很快返青，但根已慢慢爛了)而中醫先找出發黃原因，有蟲先殺蟲，因樹草搶肥搶光的先砍樹撥草，各種原因解決後再少肥多次慢慢施，效果會慢些，但禾苗不會爛死枯死。。。。。。

中醫的人是活人，有生命的人，有差別的人，與自然交相感應的人。

西醫的人是統計平均人，看不出人與人的差別如何判斷，也沒有意識和生命活力。

中西醫看人，是理論底蘊上的差距。

對人的基本看法不同，決定了中西醫治療上的巨大差異。

中醫透過陰陽五行描述活人，描述人與人的差別，西醫透過解剖學生物學描述死人，不考慮人與人的區別。

中醫的治療模式是因人而異，一個鑰匙開一把鎖。西醫的治療模式是針對統計平均人的，千鎖一把鑰匙。

兩者的認識論剛好相反，西醫是從區域性到整體，整體等於區域性相加之和；中醫則剛好相反，是從整體到區域性，兩種理論的研究方向基礎不同，所以構建的知識體系大廈各有特色。

整體可以切割，這種認識論的確有利於西醫對區域性和微觀方面進行細緻入微的觀察和研究。得益於科技進步，西醫在解剖和外科，以及微生物學方面的發展迅猛，遠遠把中醫拋在後面，在其它方面疾病治療過程中，西醫也講究“精準治療”，現代科技日新月異的發展，檢查檢驗手段越來越強，越來越先進，為西醫的“精準治療”提供了科技支撐。

整體大於部分之和是由於經絡的存在，沒有經絡，陰陽則不能互根互用；沒有經絡，則五行不能生剋制化；沒有經絡，整體觀則難以維繫；沒有經絡；五臟六腑各失其位；沒有經絡，則人失去與自然的和諧；沒有經絡，一切都是孤立的，沒有社會結構，沒有權利結構，沒有經濟矛盾，沒有食物鏈條，沒有萬有引力。所以中醫的專長體現在整體功能性疾病方面，與經絡有關的疾病都是中醫的優勢病種，區域性的疾病是整體失調造成的後果，中醫並沒有“精準治療”一說，但透過整體調節，同樣可以解決區域性問題！　

所以兩種知識體系各有所長，可以說是完美的互補，兩者最大的區別就是經絡的認知，如果將來經絡被科技破解，將帶來一場醫學革命，“現代醫學”才真正誕生。

1、現代醫學是循證醫學。現代醫學首先要求有證據（體格檢查、檢驗檢查）證明得病，然後治療。如果找不到證據，就稱為原發性疾病。最後這種治療有效，拿什麼證明？理化指標；這種治療安全，拿什麼證明？肝腎功，生殖胚胎毒性（動物實驗）。

2、傳統醫學是循症醫學，根據症狀（望聞問切）推斷證型，透過陰陽五行、臟腑理論治療疾病，目的是“陰平陽秘”，改善消除症狀。

3、兩者皆以自然科學為依據。現代醫學的理論基礎是建立在物理、化學上的生理、生化、病理知識，是自然科學極細緻的一面。傳統醫學的理論建立在歸納總結取象比類上，是自然科學廣大的一面。