科學理論常常也有適用的範圍，例如牛頓力學就適用於宏觀低速物體的運動描述，儘管量子力學和相對論都從不同側面證明了牛頓力學是有侷限性的，但我們不能說，牛頓力學就是不科學的。機械論和還原論也是如此，它們都有自己很明顯的侷限，但在它們的適用範圍以內，它們依然有著很強的生命力，不能簡單地說它們不科學。

機械論的經典觀點來源於拉普拉斯，他認為只要給出宇宙演化的一個初始狀態，就能預測出之後所有的演化情況。這種機械論的觀點會帶來某種決定論的世界觀，而很顯然，量子力學會挑戰這樣的觀點；除此以外，非線性科學（混沌）也可以挑戰這種機械論的觀點，即使所有的方程給定，初始狀態也給定，由於蝴蝶效應，未來也是不可以預測的。但這也並不是說機械論的世界觀就完全錯了，我們今天發射的所有衛星和探測器，都是按照拉普拉斯那個年代的基本方法在計算的，所以至少某種程度上，機械論的方法仍然非常有用。

還原論的觀點影響就更廣了，這種觀點認為我們可以不斷去探索系統更基本的組成部分，希望透過對系統基本單元的分析來幫助我們理解整個系統的工作原理。還原論的觀點至今仍然被許多科學家們所堅持（尤其是粒子物理學家），總體上來看，還原論的基本觀點沒有問題，但在上世紀七八十年代，諾貝爾物理學獎得主安德森發表了一篇很深刻的文章，標題叫“more is different”，挑戰了這種還原論的觀點，他在文章裡提出了一種“湧現”的世界觀，當一個系統中存在著湧現特徵的時候，我們去研究基本的組成成分無法幫助我們解決系統大尺度上的問題（例如要解開一個繩子的繩結，跟這根繩子是由什麼材料構成的其實是沒有關係的），而在其它很多場合，還原論依然有其重大的意義。