當黑暗已經離我們遠去，當DAIGO不在變成光，當那句"所有的人類都可以憑藉自己的力量變成光。"已經成為告別黑暗的謝幕詞時，當有情人終成眷屬，當最後的一刻的留念成為永恆。人類似乎真的相信，和平時代已經來臨了……
然而，就在迪迦奧特曼打敗黑暗的支配者，為人類奪得光明的兩年後，TPC國際和平組織的一項新的計劃，又在將世界推向一個新的黑暗中去……
這項計劃名為F計劃，目的在於利用迪迦之地殘留下的奧特曼的石像碎片，研究奧特曼的力量，使得這種力量為人類所使用。打擊一切外來侵略者。而就在正木憬悟事件之後，這項計劃又悄悄的開始進行了。
路路耶的遺蹟，是迪迦奧特曼與黑暗的支配者加坦傑厄最後決戰的戰場。同時又作為超古代遺蹟，被TPC作為F計劃的考察研究物件，而勝利隊隊長也作為隨行研究人員之一。被派往遺蹟進行勘察。
但是，由於過分的貪婪的追求奧特曼力量的調查小組。在發現了黑暗界的三大巨人的石像後，竟然解除了他們的封印，使得黑暗界的三大巨人重新復甦，他們就是——卡密拉、達拉姆、希特拉。而調查小組付出的代價是。除居間隊長外，無一生還。
達拉姆和希特拉放出了邪惡魔鳥-佐加。企圖使世界的天空再度蒙上黑暗的陰影……
此時，居間隊長的意志，使得在居間隊長體內的地球警備團團長—幽憐的基因，甦醒了……
她放出了類似於迪迦之地金字塔一樣的結界，擋住了佐加的去路。隨後又繼續沉睡過去了。
另一方面，與麗娜一起旅行結婚的大古，在遺蹟事件後，經常夢見卡密拉來到他的夢境中，使得大古心神不寧，而其中原因到底是因為什麼呢？
TPC本部內，勝利隊副組長宗方正在為居間會隊長替自己去遺蹟的事而感到內疚，而TPC高層則認為。此次調查任務的失敗，錯誤在於自身過分追求奧特曼的力量。而為了確保世界能夠繼續和平。他們決定炸燬遺蹟。
但是，仍然堅信隊長不會死的宗方以及勝利隊隊員們，堅決反對炸燬遺蹟……
處於遺蹟最黑暗的地方的居間會隊長甦醒了。處於迷茫狀態的她，看見了——超古代城市遺蹟…………
大古和麗娜回到了TPC本部，隊員們為了不讓大古不再繼續戰鬥，而沒有告訴他居間隊長的事情。
為了保證隊長能夠平安歸來。勝利隊隊員們終於出發前往遺蹟，拯救居間會隊長去了。
而心智大亂的大古，找到了幽憐的時間機器。從中得知，3000萬年前，迪迦，卡密拉，達拉姆，希特拉引發了巨人之間的內鬥。最終使超古代文明毀於一旦。而迪迦在幽憐的感悟下得到了光明的力量，並且奪走了達拉姆的力量，希特拉的敏捷以及卡密拉的黑暗的力量。最終將黑暗界的三大巨人封印在了黑暗中。
在三大巨人復甦的同時，幽憐放出了結界阻止他們，而結界的壽命為100年，如果大古重新拾起黑暗的力量，那麼結界就會消失。
3000玩年後復甦的卡密拉，因為憎恨迪迦的背棄，無時無刻不想著要打倒迪迦，然後讓黑暗撲滿整個世界的天空，而處於卡密拉對迪迦餘情未了。將黑暗的神光棒交給大古，希望迪迦能夠回到從前的樣子。
大古拾起了黑暗的力量，並且變身成為黑暗迪迦。結界也消失了，佐加又一次使世界籠罩在黑暗的天空下。而迪迦為了人類未來的美好生活，分別與達拉姆，希特拉展開對決並且重新得到了力量和敏捷。與卡密拉一戰時，迪迦為了保護麗娜，終於倒下了。就在麗娜為大古的倒下而開始絕望時，奇蹟出現了。
長眠在超古代文明遺蹟的超古代戰士們，將自己的光芒給予了迪迦，迪迦奧特曼變成了閃耀的形態 最終打敗了卡密拉
當黑暗已經離我們遠去，當DAIGO不在變成光，當那句"所有的人類都可以憑藉自己的力量變成光。"已經成為告別黑暗的謝幕詞時，當有情人終成眷屬，當最後的一刻的留念成為永恆。人類似乎真的相信，和平時代已經來臨了……
然而，就在迪迦奧特曼打敗黑暗的支配者，為人類奪得光明的兩年後，TPC國際和平組織的一項新的計劃，又在將世界推向一個新的黑暗中去……
這項計劃名為F計劃，目的在於利用迪迦之地殘留下的奧特曼的石像碎片，研究奧特曼的力量，使得這種力量為人類所使用。打擊一切外來侵略者。而就在正木憬悟事件之後，這項計劃又悄悄的開始進行了。
路路耶的遺蹟，是迪迦奧特曼與黑暗的支配者加坦傑厄最後決戰的戰場。同時又作為超古代遺蹟，被TPC作為F計劃的考察研究物件，而勝利隊隊長也作為隨行研究人員之一。被派往遺蹟進行勘察。
但是，由於過分的貪婪的追求奧特曼力量的調查小組。在發現了黑暗界的三大巨人的石像後，竟然解除了他們的封印，使得黑暗界的三大巨人重新復甦，他們就是——卡密拉、達拉姆、希特拉。而調查小組付出的代價是。除居間隊長外，無一生還。
達拉姆和希特拉放出了邪惡魔鳥-佐加。企圖使世界的天空再度蒙上黑暗的陰影……
此時，居間隊長的意志，使得在居間隊長體內的地球警備團團長—幽憐的基因，甦醒了……
她放出了類似於迪迦之地金字塔一樣的結界，擋住了佐加的去路。隨後又繼續沉睡過去了。
另一方面，與麗娜一起旅行結婚的大古，在遺蹟事件後，經常夢見卡密拉來到他的夢境中，使得大古心神不寧，而其中原因到底是因為什麼呢？
TPC本部內，勝利隊副組長宗方正在為居間會隊長替自己去遺蹟的事而感到內疚，而TPC高層則認為。此次調查任務的失敗，錯誤在於自身過分追求奧特曼的力量。而為了確保世界能夠繼續和平。他們決定炸燬遺蹟。
但是，仍然堅信隊長不會死的宗方以及勝利隊隊員們，堅決反對炸燬遺蹟……
處於遺蹟最黑暗的地方的居間會隊長甦醒了。處於迷茫狀態的她，看見了——超古代城市遺蹟…………
大古和麗娜回到了TPC本部，隊員們為了不讓大古不再繼續戰鬥，而沒有告訴他居間隊長的事情。
為了保證隊長能夠平安歸來。勝利隊隊員們終於出發前往遺蹟，拯救居間會隊長去了。
而心智大亂的大古，找到了幽憐的時間機器。從中得知，3000萬年前，迪迦，卡密拉，達拉姆，希特拉引發了巨人之間的內鬥。最終使超古代文明毀於一旦。而迪迦在幽憐的感悟下得到了光明的力量，並且奪走了達拉姆的力量，希特拉的敏捷以及卡密拉的黑暗的力量。最終將黑暗界的三大巨人封印在了黑暗中。
在三大巨人復甦的同時，幽憐放出了結界阻止他們，而結界的壽命為100年，如果大古重新拾起黑暗的力量，那麼結界就會消失。
3000玩年後復甦的卡密拉，因為憎恨迪迦的背棄，無時無刻不想著要打倒迪迦，然後讓黑暗撲滿整個世界的天空，而處於卡密拉對迪迦餘情未了。將黑暗的神光棒交給大古，希望迪迦能夠回到從前的樣子。
大古拾起了黑暗的力量，並且變身成為黑暗迪迦。結界也消失了，佐加又一次使世界籠罩在黑暗的天空下。而迪迦為了人類未來的美好生活，分別與達拉姆，希特拉展開對決並且重新得到了力量和敏捷。與卡密拉一戰時，迪迦為了保護麗娜，終於倒下了。就在麗娜為大古的倒下而開始絕望時，奇蹟出現了。
長眠在超古代文明遺蹟的超古代戰士們，將自己的光芒給予了迪迦，迪迦奧特曼變成了閃耀的形態 最終打敗了卡密拉