首先，我們要搞清楚一下二者的關係，五線譜只是一個用來標註節奏節拍的工具，並不能影響古琴譜本身，就是隻有古琴曲打譜成功了，才會用五線譜或者簡譜標註其旋律和節拍，並不是五線譜出來了，古琴譜的節奏自己就誕生了。

首先說一下古琴的減字譜。在以前記錄古琴的琴譜上，琴曲都是沒有節奏的，就是單純的減字譜，將琴曲的指法記錄下來而已。這就像中國的書籍記錄一樣，中國傳統的書籍中的話也是沒有標點符號的，全都是文字，一句話具體怎麼斷句，需要考驗讀者的文學素養，如果讀者的文化水平不夠高，可能根本看不懂書中寫的是什麼，只能認識哪個字怎麼讀一樣，這也是為什麼很多古籍，有不同的人批註之後，可能有的地方的斷句是完全不一樣的，這根批註的人的文化底蘊是有關係的。減字譜也是如此，透過系統的古琴學習，彈琴者一般都能看懂減字譜是什麼意思，哪一個減字元號怎麼彈。但是，當一本全是減字元號，完全沒有節奏的，沒有標點的符號出現在彈琴者的眼前的時候，他可能也就只能認識每一個減字譜的具體彈法，並不能將這些沒有節奏的減字譜，有旋律，有意境的展現給聽眾。現在很多彈琴者，可能只相當於古文初級水平，給讀者一篇文章，必須要有完整的標點符號，才能理解清楚文章的意思，如果給讀者一片完全沒有標點符號的文章，可能讀起來就比較費勁了。古琴同樣如此，現在的彈琴者，有五線譜，簡譜對照的琴譜肯定能順利完整的彈奏下來，但是一旦給的是一個完全沒有節奏的琴譜，就什麼都彈不出來。

再來說說打譜。打譜，其實就是就跟給沒有標點符號的古文斷句一樣，就是給沒有節奏的古琴譜標註出每一個音符的節奏節拍。這就需要打譜者有極高的傳統文化素養和音樂素養，因為中國的傳統文化都是聯絡的很緊密的，他並不是獨立出來的，哲學，音樂，烹飪，醫術，繪畫等等都有很緊密的聯絡，就拿最常見的金木水火土五行來說，每一個專業都會跟五行聯絡在一起。如果打譜者沒有比較高的音樂素養，比較深厚的文化底蘊，可能打出來的琴譜完全喪失了原曲之中的意境。打譜相當於是對古琴曲的一次考古，只有弄清了琴曲的創作年代，琴曲的創作背景，琴曲創作者的生活背景，以及琴曲所要表達的意思，才能夠將琴曲原有的意境原汁原味的呈現出來。關於古琴打譜，洛水琴客主頁有文章專門介紹過古琴的打譜工作。

五線譜就是一個用來記錄琴曲節奏的工具，只有古琴譜打譜成功了，五線譜才能派上用場。古琴打譜的意義就是將琴曲由死的音符記錄，變成活的音樂，展現給聽眾，否則一堆死的文字記錄，在沒有節奏的情況下，也完全用不到五線譜。五線譜是基於西方的鋼琴的，因為鋼琴中每個音都有一個對應的按鍵，所以具體某個音五線譜怎麼記錄的，鋼琴上就能找到對應的按鍵。但是古琴不一樣，古琴分為散音，按音，泛音三種音色，不一樣的音色音高可能是一樣的，古琴上面有十三個徽位，每個徽位對應的音準音高可能有一樣的，就拿最簡單的泛音來說，古琴的泛音是以七徽的位置為對稱的，依次向兩側延展，所以如果按照五線譜的記錄，可能一個“4”可以用好幾處位置彈出來，這樣單純的五線譜就無法將古琴的具體彈法記錄下來了。

再來說說題主所說的科學性，你可以說古琴聲音發聲的科學性，可以說古琴琴絃振動，泛音發聲的科學性，但是不能說減字譜的科學性。就像你問西方音樂學者五線譜的科學性，他會告訴你五線譜是如何如何科學的嘛？說白了，五線譜只是音樂記錄的工具，減字譜是語言，二者絲毫沒有可比性，也沒有科學性所言，這就跟為什麼阿拉伯數字從小到大要一次寫成“123456789”一樣，你能說出他們的科學性嗎？

我是洛水琴客，一個專業的古琴文化傳播者！

中國古人的音樂能力極其差勁兒，一直沒有發明一個精確的記譜法。所謂的減字譜，沒有時值和節奏，要靠演奏者自己去瞎猜，也就是所謂的“打譜”。你用自己的瞎猜給它補上時值，就可以用五線譜記錄下來。問題是其他演奏者也可以補另外的時值分配方案，所以到頭來誰也不知道當年的古人到底寫的是什麼玩意兒。