清聖祖康熙皇帝親政之後，三藩問題成為最大隱患，集中力量解決吳三桂等人，無暇顧及準噶爾大汗噶爾丹在北部草原的擴張。甚至，為了不影響中原戰略，採取懷柔措施，安撫噶爾丹。到了三藩平定，中原地區秩序恢復正常之後，英明神武的康熙皇帝就打算經略蒙古各部，重構之前的滿蒙聯姻和依附關係。此時，噶爾丹已經坐大，野心膨脹，一度威脅到了京師周邊地區，這是玄燁所不能容忍的，自然需要聚兵北上，收拾噶爾丹。

噶爾丹號稱也先之後，頗有幾分驍勇，戰略眼光和軍事行動能力也是不世之才。康熙前兩次親征，雖然在烏蘭布通一帶遏制了他的兵鋒，但是元氣尚存，依舊是清廷一塊頑疾。而且，北方苦寒，康熙皇帝不幸重病，造成了朝廷不小的風波。六年之後，康熙大軍與噶爾丹部會戰於今肯特山昭莫多，這一次噶爾丹主力基本失去了戰鬥力，殘兵四散，噶爾丹眾叛親離，逃亡至科布多妄圖東山再起。但是，這只是他的一廂情願，康熙皇帝籠絡收買蒙古上層親貴，噶爾丹的權威一落千丈。

這個時候，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦也背叛了他自立，噶爾丹非常憤怒，也沒有什麼辦法。在貧病交迫中，死於非命。康熙三次御駕親征噶爾丹，安定了草原秩序。最終，清廷直接統治了蒙古草原，各部定期在避暑山莊等地朝拜，演習木蘭秋彌。雖然雍正乾隆年間也有戰亂，但基本維持了一定的和平狀態。

從這個角度來看，康熙皇帝玄燁確實是千古一帝，性格堅韌，具有滿洲八旗的銳氣，兵鋒所至，鐵蹄錚錚，開疆拓土，奠定了康乾盛世的基礎。

清王朝剛建立的時候，盤踞在中國西北的蒙古分為三大部分，包括漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古。漠南蒙古部落在清朝入關以前就已經表示像滿清臣服，漠北的喀爾喀蒙古又包括薩克圖、土謝圖、車臣三部分。

漠西厄魯特蒙古部在明朝初期也稱“瓦剌”，明末清初的時候被稱為“厄魯特”，他們盤踞在巴爾喀什湖以東以南的地區。厄魯特蒙古部又分為四大部分，遊牧在伊犁河流域的稱為準噶爾部，遊牧在烏魯木齊附近的被稱為和碩特部，遊牧在額爾齊斯河沿岸的稱為杜爾伯特部，遊牧在塔爾巴哈臺附近的稱為土爾扈特部。

17世紀的時候，漠西厄魯特蒙古的準噶爾部逐漸強大起來。在崇禎年間，吐爾扈特部因為受到準噶爾部的排擠，他們離開了塔爾巴哈臺牧區，向西一直遷徙到伏爾加河流域的地區遊牧。

後來，和碩特部也和準噶爾部發生了激烈的衝突，他們不得不離開了自己的牧場，向東南青海一帶轉移。只有杜爾伯特部能夠和準噶爾部和平相處，他們共同居住在阿爾泰地區。

康熙剛即位的時候，準噶爾部的葛爾丹狂妄的自立為準噶爾汗，並且在沙俄政府的唆使下，於康熙二十七年，對漠北的喀爾喀蒙古部落發動了突然襲擊，沙俄侵略者同時要求喀爾喀蒙古蒙古投降沙俄，喀爾喀蒙古部落的首領拒絕了沙俄的誘降，並且毅然地帶領手下數十萬部眾向內地轉移，向清朝表示臣服。

1688年噶爾丹率軍進攻喀爾喀，喀爾喀實際上當時已經歸屬清朝，噶爾丹的這一舉動已經威脅到了北京的安危，形勢萬分緊急，康熙決定御駕親征，不但是為了維持蒙古地區的穩定，更重要的是打擊沙俄侵略勢力的囂張氣焰!沙俄政府一直對中國東北地區黑龍江流域虎視眈眈!1690年，清軍分兩路出擊進攻葛爾丹，戰爭持僵持狀態，清軍和葛爾丹勝負參半。1696年，清軍終於在烏蘭巴托擊敗了葛爾丹的主力，葛爾丹戰敗並且連夜逃跑，1697年，康熙又親自率領大軍，到達寧夏，將葛爾丹殘部團團包圍，葛爾丹終於走投無路四面楚歌，無顏再見葛爾丹部的父老，無奈之中終於服毒自殺!

康熙平定了葛爾丹布的叛亂之後，喀爾喀蒙古的各個部落又回到了自己曾經放牧的牧場。各部落首領一同接受了清朝的冊封。從此，外蒙古地區統一在清朝政府中央的管轄之下，清政府在科布多、烏里雅蘇臺地區，派遣了將軍和參贊大臣，掌管當地的軍機大事，這大大加強了清政府對外蒙古的統治!