宋朝時期的青藏高原依舊是在吐蕃的控制下，只不過這個時候他的名稱是吐蕃諸部而不是之前的吐蕃帝國。在末代贊普達瑪突然遇刺身亡後，吐蕃朝野分裂，國內出現了大政，小政，眾派，少派，金派，玉派等不同的派系，陷入了群龍無首的混亂局面。隨著時間的發展，青藏高原本土的世俗勢力已經變得不足為重，在動亂中遷徙並在涼州和湟水流域形成的吐蕃政權才是宋王朝和西夏王朝關注的焦點。

涼州首先處於六穀部落的統治下。部落聯合體分為左右兩翼，在名義上由一位大首領統治。在1001年，受到朗氏家族和宋王朝支援的潘羅支封取代了第四代大首領的位置。1003年，党項首領李繼遷佔領涼州，受到了詐降的吐蕃人的伏擊。在潘羅支同樣被手下的者龍族分裂派暗殺後，加上瘟疫的襲擊，吐蕃政權在涼州地區的影響力削弱了。此時，在涼州以南，青海湖以東，位於湟水流域的河州地區，以宗哥族為中心，正在形成一支新的吐蕃政權。在吐蕃王朝贊普後裔的角廝羅的帶領下，青唐吐蕃多次大敗西夏，角廝羅因此受到宋廷的嘉獎。青唐地區也成了宋朝馬匹重要的供給地。

吐蕃王朝滅亡後，在西藏地區，原本被統治者利用的佛教憑藉著豐厚的財力凌駕在世俗貴族之上，從而形成了一塊政教合一的區域。這種形勢一直蔓延到蒙古帝國的崛起之際才被打破。但是傳統的喇嘛僧侶特權階級統治，政教合一統治的習俗卻被延續了下來，只不過多了蒙古人代表的監管。當時的社會十分閉塞，在薩伽班智達出使蒙古統治下的涼州後，才明白了這個帝國強大的軍事實力。當時的教派領袖滿足了對自我世界的認識，思想還停留在幾個世紀吐蕃王朝的輝煌中。在認識到敵我實力的差距後，薩伽寫了封信勸降吐蕃各教派領袖，並最終使得西藏相對和平地迴歸到了中原王朝的懷抱中。

在9世紀大唐王朝漸漸步入末路的同時，吐蕃也由盛轉衰了，標誌性事件是堅定滅佛的末代贊普朗達瑪被刺殺，隨後吐蕃王室分裂，出現大王妃抱養的永丹和小王妃生的歐松之間的爭立，大臣們也分成兩派，從此吐蕃連年內戰。

各地將領也隨之擁兵稱雄，彼此爭立，過去一些歸屬吐蕃的部落也相繼脫離吐蕃的管轄。843年，吐蕃東北部鎮將論恐熱率兵二十萬攻打鄯州（今青海樂都）守將沒盧氏尚婢婢，隨後整個河西、隴右的吐蕃邊將都捲入了這場混戰，直到公元866年，論恐熱被拓跋懷光殺死，戰爭才逐漸平息。

但僅僅三年後，869年，手工匠人首領韋·闊竭勒登從康氏區率領起義軍向衛藏挺進，席捲拉薩一帶。

877年，起義軍首領許布達澤等四人率軍攻下山南窮結，將吐蕃王朝歷代贊普陵墓掘毀多處，瓜分了殉葬財物。起義軍還殺死了歐松的兒子貝科爾贊。

之後，吐蕃王室後裔形成了四個王系：

1.拉薩王系—朗達瑪之子云丹的後裔佔據拉薩，稱為拉薩王系。他的勢力多在拉薩、桑耶、朵康等地。

2.阿里王系—歐松之孫尼瑪袞退居阿里佈讓為王，其三子分別統治孟域——拉達克王系，佈讓、象雄——古格王室，總稱為“上部三袞”。古格王室之後拉喇嘛絳曲斡迎請阿底峽大師至西藏。

3.亞澤王系——尼瑪袞的第十一代孫據亞澤為王，稱亞澤王系。

4.雅隆覺阿王系——歐松之孫扎西鄒巴有三個兒子：巴德、斡德、基德，稱為“下部三德”。斡德的第三個兒子赤穹，據雅隆秦昂達則城，形成雅隆覺阿王系，而次子赤德的後人在青海定居，成為宗喀王（唃廝囉）。

直到宋朝建立時，青藏高原的狀況還是如此。與宋朝有交往的是青海唃廝羅(宗喀)政權，它是宋朝防禦西夏的屏障。唃廝羅首領歷代接受宋朝的封官，後來唃廝囉部統治地區全部成了宋朝的郡縣。

而後吐蕃故土上各種地方政權輪番上場，有的地方甚至分散成遊牧部落。直到蒙古鐵騎掃蕩歐亞大陸，忽必烈建立的元朝，由中央特設宣政院，直轄了整個青藏高原的吐蕃故地。