①根
辣椒根系入土淺，根量較少，主根不發達，主要根群一般分佈在30釐米土層中，移過苗的辣椒根群多集中在10～15釐米耕層內，屬淺根系作物，主根的木質化程度高，主根長出後分杈，根端1毫米左右處，有1～2釐米長的根毛區，上面密生根毛，根系再生能力弱，應進行護根育苗。
②莖
辣椒莖直立，小果型品種植株高大，分枝多，開展度大，大果型品種，分枝少，開展度小，基部木質化，具深綠色縱紋，黃綠色或紫色，莖高30～50釐米，因變種、品種不同而有差異，開展度35～55釐米，適於密植，分枝習性為雙叉狀分枝，也有三叉的，在夜溫低、生育緩慢、幼苗營養狀況良好時多分化為三叉，按照分枝結果習性的不同，可將辣椒分為無限分枝及有限分枝兩種型別：
無限分枝型別
植株高大，生長勢強，當主莖長到7～15片真葉時，頂芽分化為花芽，由下面2～3節的腋芽抽生為2～3個側枝，花（果實）著生在分杈處。各個側枝生長數節後可依次分枝、著花、坐果，只要環境條件適宜，可以無限分枝生長，只是後期由於果實生長的影響，分枝變得不太規律，所抽生的側枝數有所減少或枝條生長勢強弱不等。絕大多數栽培品種屬此型別。
有限分枝型別
株型矮小、緊湊，主莖生長至一定葉數後頂芽分化成簇生的多個花芽，由花簇下部的多個腋芽抽生分枝，分枝的葉腋還可能抽生副側枝，在側枝和副側枝的頂部均可形成花簇，以後植株不再抽生分枝，植株封頂，各種簇生椒屬此型別，該分枝型別的辣椒基部主莖各節葉腋均可抽生側枝，但開花較遲，生產上應及時摘除，以利通風透光，減少養分消耗，在天鷹椒的栽培上，主枝頂花芽開花早，果形偏大，且影響結果側枝的生長，在現蕾時應及時摘除。
辣椒的葉為單葉、互生、全緣，卵圓形、橢圓形或披針形，先端漸尖，葉面光滑、微具光澤，少數品種葉面密生茸毛，葉有子葉和真葉，真葉大小和葉面綠色深淺與品種和栽培條件有關，一般葉片碩大、深綠色時，果形也較大，果面綠色也較深。氮肥充足，葉形長；若氮肥過多，葉柄長，先端嫩葉凹凸不平。健壯植株葉片舒展，有光澤，顏色較深，心葉顏色較淺；反之，葉片不舒展，葉色暗，無光澤或心葉變黃，皺縮。
辣椒的葉含有多種營養物質，具有很高的食用價值，葉片中的氨基酸、鈣、鐵、鋅等物質含量均高於果實。辣椒葉甘而鮮嫩，可做湯或炒食，口感好，且具有除溼健胃、補肝明目等醫療保健作用，具有開發前景。
④花
辣椒的花單生或簇生3～5朵，為完全花，著生於分枝杈點上；花小，每朵花由雄蕊、雌蕊、花瓣、花萼和花柄組成，花冠白色、綠白花或略帶紫色，花瓣6片，基部連成一體，具蜜腺吸引昆蟲；花萼基部連成萼筒呈鐘形，先端5齒，宿存；雌蕊1枚，由柱頭、花柱和子房三部分組成；雄蕊5～6枚，基部聯合成圓筒狀，花葯縱裂，淺紫色，與柱頭平齊或稍長；柱頭上生有便於粘著花粉的刺狀隆起；屬常異交作物，蟲媒花。
植株生長正常時，辣椒的花葯和雌蕊柱頭平齊或柱頭比花葯稍長，這樣的花稱為長柱花，辣椒的花潮下開放，花葯成熟後散粉，長柱花容易接受到花粉而受精結實，而短柱花因接觸到花粉的機會小而不能受精，造成落花。植株營養狀況影響花柱的長短，營養不良，短柱花增多，落花率提高；營養良好，長柱花增多，落花率降低。主枝及靠近主枝的側枝營養狀況良好，花器發育好，落花率較低；遠離主枝的側枝因營養狀況不良，花器發育不良，花器小，質量差，中柱花及短枝花增多，落花率也提高，生產上改善栽培條件、加強管理、培育壯株是減少短柱花，增加結果數的重要措施。
⑥種子
辣椒種子著生於果實的胎座上，種子腎形，扁平微皺，具光澤，新鮮種子淺黃色，種皮稍厚實。種子大小因品種而異，一般甜椒種子大，辣椒種子小。千粒重4.5～8克。種子壽命3～7年，使用壽命為2～3年。
①根
辣椒根系入土淺，根量較少，主根不發達，主要根群一般分佈在30釐米土層中，移過苗的辣椒根群多集中在10～15釐米耕層內，屬淺根系作物，主根的木質化程度高，主根長出後分杈，根端1毫米左右處，有1～2釐米長的根毛區，上面密生根毛，根系再生能力弱，應進行護根育苗。
②莖
辣椒莖直立，小果型品種植株高大，分枝多，開展度大，大果型品種，分枝少，開展度小，基部木質化，具深綠色縱紋，黃綠色或紫色，莖高30～50釐米，因變種、品種不同而有差異，開展度35～55釐米，適於密植，分枝習性為雙叉狀分枝，也有三叉的，在夜溫低、生育緩慢、幼苗營養狀況良好時多分化為三叉，按照分枝結果習性的不同，可將辣椒分為無限分枝及有限分枝兩種型別：
無限分枝型別
植株高大，生長勢強，當主莖長到7～15片真葉時，頂芽分化為花芽，由下面2～3節的腋芽抽生為2～3個側枝，花（果實）著生在分杈處。各個側枝生長數節後可依次分枝、著花、坐果，只要環境條件適宜，可以無限分枝生長，只是後期由於果實生長的影響，分枝變得不太規律，所抽生的側枝數有所減少或枝條生長勢強弱不等。絕大多數栽培品種屬此型別。
有限分枝型別
株型矮小、緊湊，主莖生長至一定葉數後頂芽分化成簇生的多個花芽，由花簇下部的多個腋芽抽生分枝，分枝的葉腋還可能抽生副側枝，在側枝和副側枝的頂部均可形成花簇，以後植株不再抽生分枝，植株封頂，各種簇生椒屬此型別，該分枝型別的辣椒基部主莖各節葉腋均可抽生側枝，但開花較遲，生產上應及時摘除，以利通風透光，減少養分消耗，在天鷹椒的栽培上，主枝頂花芽開花早，果形偏大，且影響結果側枝的生長，在現蕾時應及時摘除。
辣椒的葉為單葉、互生、全緣，卵圓形、橢圓形或披針形，先端漸尖，葉面光滑、微具光澤，少數品種葉面密生茸毛，葉有子葉和真葉，真葉大小和葉面綠色深淺與品種和栽培條件有關，一般葉片碩大、深綠色時，果形也較大，果面綠色也較深。氮肥充足，葉形長；若氮肥過多，葉柄長，先端嫩葉凹凸不平。健壯植株葉片舒展，有光澤，顏色較深，心葉顏色較淺；反之，葉片不舒展，葉色暗，無光澤或心葉變黃，皺縮。
辣椒的葉含有多種營養物質，具有很高的食用價值，葉片中的氨基酸、鈣、鐵、鋅等物質含量均高於果實。辣椒葉甘而鮮嫩，可做湯或炒食，口感好，且具有除溼健胃、補肝明目等醫療保健作用，具有開發前景。
④花
辣椒的花單生或簇生3～5朵，為完全花，著生於分枝杈點上；花小，每朵花由雄蕊、雌蕊、花瓣、花萼和花柄組成，花冠白色、綠白花或略帶紫色，花瓣6片，基部連成一體，具蜜腺吸引昆蟲；花萼基部連成萼筒呈鐘形，先端5齒，宿存；雌蕊1枚，由柱頭、花柱和子房三部分組成；雄蕊5～6枚，基部聯合成圓筒狀，花葯縱裂，淺紫色，與柱頭平齊或稍長；柱頭上生有便於粘著花粉的刺狀隆起；屬常異交作物，蟲媒花。
植株生長正常時，辣椒的花葯和雌蕊柱頭平齊或柱頭比花葯稍長，這樣的花稱為長柱花，辣椒的花潮下開放，花葯成熟後散粉，長柱花容易接受到花粉而受精結實，而短柱花因接觸到花粉的機會小而不能受精，造成落花。植株營養狀況影響花柱的長短，營養不良，短柱花增多，落花率提高；營養良好，長柱花增多，落花率降低。主枝及靠近主枝的側枝營養狀況良好，花器發育好，落花率較低；遠離主枝的側枝因營養狀況不良，花器發育不良，花器小，質量差，中柱花及短枝花增多，落花率也提高，生產上改善栽培條件、加強管理、培育壯株是減少短柱花，增加結果數的重要措施。
⑥種子
辣椒種子著生於果實的胎座上，種子腎形，扁平微皺，具光澤，新鮮種子淺黃色，種皮稍厚實。種子大小因品種而異，一般甜椒種子大，辣椒種子小。千粒重4.5～8克。種子壽命3～7年，使用壽命為2～3年。