為了使對中國東北地區的佔領合法化，沙俄於1900年11月，脅迫清朝盛京將軍增祺簽訂了《奉天交地暫且章程》，奪取了盛京的全部主權。將盛京乃至整個東北地區變成了沙俄的殖民地。沙俄的暴行和強盜行徑，引起了華人民的強烈反對，清政府也沒有承認《奉天交地暫且章程》。另外，俄軍在中國東北地區的暴行，激起了華人民，特別是東北人民的強烈反抗。東北各地人民相繼組織抗俄武裝，到1901年初，抗俄武裝達到10萬多人。其中，“忠義軍”發展最快，到1902年已達20萬人。他們在“御俄寇，復國土”的口號鼓舞下，英勇戰鬥，收復了吉弗南部和奉天北部的大片國土。由於華人民的英勇鬥爭和列強之間爭奪中國的矛盾鬥爭不斷加劇，l902年4月8日，沙俄被迫同清政府簽訂了《交收東三省條約》，規定俄國軍隊分三期撤出中國東北地區。這樣，沙俄妄圖獨吞中國東北全境的計劃最終破滅。

歷代王朝一般都設有或留都或陪都，比如選擇原來的都城或者重點城市。明代陪都是南京，中央機構基本保留了一套。

1644年清軍入關並遷都北京後，原來首都盛京改為留都，先以內大臣一人為留守，順治三年（1646）改為昂邦章京。順治十四年清朝以“奉天承運”之意在瀋陽設奉天府（北京稱順天府），設府尹1人，掌盛京地方之事。康熙元年（1662）改統轄今遼寧地區的“昂邦章京”為漢稱“鎮守遼東等處將軍”，並徙遼東。康熙四年（1665），又改稱“鎮守奉天等處將軍”，即“奉天將軍”。乾隆十二年（1747）移駐盛京後，定稱“鎮守盛京等處將軍”，即“盛京將軍”；乾隆二十七年（公元1762年）規定，奉天府尹由盛京將軍節制。盛京將軍原為正一品武職，乾隆三十三年（1768）降為從一品武職。盛京將軍是統轄奉天的最高軍政長官。

奉天府下共設二府、四廳、五州、十四縣。奉天府尹為滿缺，秩正三品。按清代官制，奉天府例由光祿寺卿、太僕寺卿升任，若缺位無人，可由通政司副使、大理寺卿升任。府尹轄有治中，通判等官職。

並在盛京設盛京內務府和盛京五部（順治三年（1646）清朝設立奉天昂邦章京，給予鎮守總管之印；十四年（1657）設奉天府，第二年在盛京設立禮部，次年又設戶部、工部。康熙元年（1662）再設刑部，三十年（1691）又設兵部。當時，為了使各地行政官員任免權統歸中央吏部管理，因此在盛京未設吏部）。

盛京內務府設總管大臣一名，由盛京將軍兼任，因此盛京將軍衙門也叫總管內務府衙門。盛京內務府以處理盛京皇宮、盛京皇莊、圍場等方面事務。在總管大臣之下設上三旗佐領3人，主事1人，委署主事1人，掌盛京三旗包衣之政令。其下仿照京師內務府建制，設有廣儲司、會計司、掌儀司、都虞司、營造司五司，只比京師內務府少了慶豐司和慎行司兩個機構。

盛京五部不設尚書，早先各設理事官一人，秩正四品，後各部改設侍郎1人，秩正二品。其下又設郎中、堂主事等官。盛京五部雖受中央六部節制，在行政管理上仍要會同盛京將軍、奉天府尹商辦。但五部也可直接向皇帝奏事，負有地方行政管理之責。盛京五部屬下各設有不同分司，以掌管不同職責。

盛京地區作為清王朝的龍興之地，駐防的兵力僅次於京畿地區。盛京將軍以下設副都統4人、副都統銜總管1人、城守尉8人、協領15人、防守尉2人、佐領131人、驍騎校207人；駐防盛京、興京、鳳凰城、義州、牛莊、錦州、金州、遼陽、熊嶽、復州、寧遠、廣寧、鐵嶺、開原等。乾隆末年，盛京將軍屬下共有八旗官兵7232人，八旗官兵連同家眷，近十萬之眾。

奉天府下的京縣承德縣，該縣類似於京師的大興、宛平二縣，其知縣級別地位較高。康熙二年（1663年），以盛京城附郭設縣制，設正六品知縣一名，主管各項事宜。