嫪毐之亂後，呂不韋作為嫪毐的舉薦者，必然受到牽連。不過，據《史記·秦始皇本紀》記載，始皇帝在嫪毐叛亂時，還是讓呂不韋統兵去平定的。

嫪毐之亂被被平定後，呂不韋很快被罷相，並被趕到封底洛陽去了，當時秦國已經滅了周王朝，只是還沒統一天下。呂不韋到洛陽後不久，始皇帝又把他遷到四川，呂不韋知道始皇帝的意思，不久之後就自殺了。

先讓呂布韋平定叛亂，再以舉薦不力之罪罷黜呂不韋相國之位，貶到封地洛陽，後又被到遣到四川，呂不韋傳說是嬴政的親生父親，為了嬴政，把罪過都攬到自己身上，給嬴政的統治提供了良好的基礎，他深知嬴政的心思，到四川后自殺身亡。

秦王政九（公元前238年），發生了嫪毐之亂。這事的起因嘛，也就是有人告發嫪毐並非宦官，他跟趙太后私通並生下兩個兒子。於是，嫪毐為了自己的兒子，計劃謀反。收到這個舉報之後，秦王政就派人嚴查此事。最後的結果，嫪毐坐三族罪，其中他和趙太后所生的兩個兒子也算三族成員之一，自然逃不過一死。嫪毐之前的門客沒其家，遷到了蜀地。趙太后在這件事之後，被秦王政遷到雍地。

呂不韋因為受到這件事情牽連被罷免相位。情牽的因素，呂不韋也有點小冤，他根本也沒參與嫪毐叛亂的計劃。只是當年他跟趙太后推薦嫪毐入宮。呂不韋這麼做的因素，按著《史記·呂不韋列傳》：秦王年少，太后時時竊私通呂不韋。不韋家僮萬人……始皇帝益壯，太后淫不止。始皇帝益壯，太后淫不止。呂不韋恐覺禍及己，乃私求大陰人嫪毐以為舍人，時縱倡樂，使毐以其陰關桐輪而行，令太后聞之，以啗太后。太后聞，果欲私得之。呂不韋乃進嫪毐，詐令人以腐罪。——呂不韋跟趙太后推薦嫪毐是典型的甩鍋心理，可惜鍋沒甩成，來了一個更大的麻煩。萬萬沒想嫪毐竟然是一個有抱負的男寵，人家想著篡秦。抱負和能力並不成正比，最後敗露了。呂不韋雖然沒有參與嫪毐叛亂，但是誰讓他是嫪毐當年的推薦人。說他有點小冤，是因為他推薦嫪毐那會兒，也沒想過嫪毐會這麼搞事情。

免相這個處罰並不是秦王政的原意，按著《史記·呂不韋列傳》：王欲誅相國，為其奉先王功大，及賓客辯士為遊說者眾，王不忍致法。——秦王政原本的意思是打算藉此機會一併剷除，後來考慮到老呂對秦國的貢獻還是很大的，加上門客說情。只是免相，打發他去了封地。秦王政對呂不韋的處理大概考慮到該事情風波很大，老呂不同於嫪毐，正面社會影響是很大的。何況呂不韋確實沒有直接參與。

但是隔了一段時間，風頭也過去了，秦王政對外放的呂不韋也不是很放心，萬一變成商鞅2.0怎麼辦。於是，秦王政就給呂不韋寫了一封批評信，然後遷呂不韋一家子去蜀地。呂不韋看完批評信，大概也明白了秦王政的意思，所以他飲酖自盡。

我們這位始皇帝該動手的時候是絕對不會手軟的，而且還辦的有法可依。

嫪毐集團被清處以後，嬴政變開始著手處呂不韋集團了，但是呂不韋輔佐兩任君王，又身居宰相高位，手握大權，要想辦他馬虎不得啊。但是追查嫪毐集團，必定會牽扯到呂不韋，因為嫪毐是呂不韋推薦的啊，所以這個汙點呂不韋想洗也是洗不掉的。

這樣便給了年輕的君王嬴政機會了，而且秦始皇機會也是把握的很好。公元前237年（秦始皇十年），秦始皇以呂不韋與嫪毐之亂有牽連的罪名，免去其相國之職，讓他回河南的封地居住。

但是在呂不韋回到河南的一年多的時間裡，各路諸侯紛紛派使者問候呂不韋。秦始皇害怕呂不韋聯合其他諸侯造反，就下令讓呂不韋遷往蜀地，切斷了他和各路諸侯和賓客的聯絡。這時秦始皇還寫了一封非常刻薄的信，語氣極其不好“君有何功於秦？秦封君河南，食十萬戶。君何親於秦？號稱仲父。其與家屬徙處蜀。”一封信把呂不韋所有的功勞全部抹殺掉，呂不韋感覺到了秦始皇的刻薄寡恩，害怕被滅全族，於是自己喝毒酒自殺了。

就這樣“奇貨可居”的呂不韋一步一步的被嬴政逼死了。