The End of Evangelion是EVA的官方結局。在RCB中註明EOE是取材於原有TV版第25話及其以後的內容而原25話由於製造錯誤沒有在TV上播出（應該是因為沒錢了）。但是，那並不說明TV版的結局是錯的，那只是另一種可能而已。

那麼TV版的結局和劇場版的結局的意義一樣麼？

在我看來——不。在TV版的結局中真嗣贊成補完－但我們甚至不清楚他是否作出了選擇。那隻不過是切斷了與現實世界聯絡的人類補完計劃的一個例子。在最後，真嗣愉快地看著補完後的世界微笑著說“我明白了！我在這裡”之後許多人出現祝賀他的選擇，包括活著的和死了的（加持）朋友，健康的有腿的東治甚至PenPen。這是一幕超現實主義的結局。這個結局的主題與 George Orwell在1949年出版的著名政治寓言小說《1984》有一定意義上的聯絡。奧維爾另外一部著名作品就是有名的《動物莊園》。《1984》實際上是一部諷刺和揭示專制控制和人類劣根性的政治批判性質的架空小說。小說最後，主角溫斯頓放棄了對強權的鬥爭與反抗，自甘於謊言和屈從，是一個很壓抑的悲劇結局也頗具諷刺意味。作者可能希望藉此比喻《EVA》TV版結局看似完美實則相反的觀點。與此相反，劇場版的結局是另一種模式的結局。真嗣在電影的最後幾分鐘作出了選擇：他完全拒絕了那個切斷了與現實的聯絡，創造出一個虛假的伊甸園般的人類補完計劃。人類補完計劃只是逃避現實的手段，而真嗣成熟地認識到了這一點。影片的結尾不是那個超現實的，致幻藥所造成的幻覺般的大家對真嗣說“祝賀你”的場景，而是一個冰冷殘酷的現實世界。並且，以下是The Newtype Filmbook對於TV版結局場景的描述：“在眾多祝賀聲中，真嗣的嘴角綻開微笑（並且洋溢到臉上）。一張幸福的臉——那是補完後的真嗣的表情。這也是眾多結局中一個可能的結局。”注意，“補完後的真嗣的表情”，這句話看上去幹巴巴的。

下面是EOE的嚴格的簡短回顧只包括重要的方面和幾個最後的細節：SEELE堅信人類已經成為了一種無可救藥的沒有價值的生命，於是為了人類的幸福，所有的生命應該滅亡（“神、人和所有的生命必須死亡以成為一體”－SEELE），在這個過程中，人類會成為一個完美的單一個體。這就是人類補完計劃。元度有另外一個人類補完計劃而他的計劃看起來需要利用麗、亞當和莉莉絲來完成。而SEELE的計劃需要初號機（莉莉絲的直接克隆體），量產機和隆基努斯之槍（開始時需要隆基努斯之槍的原件，但後來它的複製品也可以了）。SEELE的人類補完計劃好像是從二號機的死亡和隆基努斯之槍的原件迴歸初號機開始發動的。而這時在最終教條，元度把亞當（亞當被元度移植到了他的手上——這可以在24話的編輯版中很清楚的看出來）伸進麗體內以帶他去與莉莉絲融合。但是“出於麗自己的意願”她拒絕了融合，自己迴歸了莉莉絲——然後把人類的命運交到了元度的兒子－真嗣的手中。當補完進行到最後，他有機會決定是繼續補完還是以人類的形態回到現實中去，真嗣選擇了回到現實中去，因為無論多麼痛苦，真實也比虛假的幸福來得好。（燻問：“AT立場會再次傷害你和其他人，你肯定麼？”真嗣說：“ 那好吧。”）量產機開始崩壞，隆基努斯之槍的複製品也消失了。隨著人類靈魂流向大地，無數閃光的十字架與初號機和隆基努斯之槍升上宇宙。唯愛撫著真嗣的臉頰與他作最後的道別。在這個閃回鏡頭中，唯對於EVA的真正目的終於在她的遺言中揭曉了——她希望在太陽、月亮和地球消失之後人類仍然能存在宇宙中。真嗣在荒涼的海邊醒來。胳膊和眼睛包紮著與和麗類似繃帶的明日香在他身邊一動不動。真嗣出於愛恨交加的感情開始掐明日香的脖子，只是當他感覺到明日香的手撫摸過他的臉時才停下。他崩潰了，趴在她身上號啕大哭。