南明政權歷史上是承認的。具體說，南明指的是明朝京師順天府失陷後，由明朝宗室在南方建立的若干政權，歷經四帝一監國，共計40年（1644年—1683年）。

回答這個問題首先我們來看歷史上兩個和南明類似的政權，第一是東晉，第二是南宋。我們把一個政權滅亡一般定性為都城被攻克，皇帝被殺或者被俘。北宋和西晉恰恰是這樣，西晉亡於匈奴漢國，北宋亡於金國。

南明看似也以上兩個朝代很相似，但是又有不同點。北宋東西晉被少數民族消滅後他的政權並沒有馬上滅亡，東晉和南宋都在前朝基礎上建立，存在時間都有一百多年。而且古代修史往往以漢人政權為正統，所以這兩個政權是被納入正式的。

我們再來看南明，明朝1644年北京被李自成攻克，崇禎皇帝自殺殉國。按照歷史學上的說法明朝滅亡了，隨後南京建立了弘光政權，弘光政權看似和東晉南宋不相上下，控制的面積差不多，而且和北方政權隔著淮河長江天塹。但是弘光政權是個短命政權，只存在一兩年就被清兵滅亡。而接下來的隆武和永曆政權基本上可以說是流亡政府，基本上是朝不保夕，領土面積日漸萎縮。小的時候只是一兩個省的勢力範圍。根本也不夠稱之為一個正統朝代，再加上整個南明也只存在十幾年，這點也不夠把它列入正史。

1644年明朝滅亡，滿清隨後進入北京，而且隨後清朝佔領整個中原，按照歷史順序此時就把清朝納入了正史。而且歷史上總是後來的朝代給前朝修史，清朝都成正統了，它會給南明列入合法政權？肯定不會把它寫進正史的。而我們今人一直延續這一看法，所以我覺得這些原因都是南明沒有進去正史的原因