自動分離的原理是利用蠅蛆的生理特徵，蠅蛆在長大成熟後就要化蛹，但它們都不喜歡在生長中的糞堆裡化蛹，它們就會從糞堆中爬出來，但被育蛆池的池牆擋住了，它們只好沿著牆邊往兩邊走，快到收蛆桶邊的時候，它們碰到了一個微小的坡，它們反而更加爭先孔後往上爬，剛爬到收蛆桶邊上時，一個突然的下坡（蠅蛆沒有眼睛）使它們措手不及地掉進了收蛆桶中就再也爬不上來了。

有時候特別是在冬春季節，總髮現蠅蛆分離不乾淨，許多蠅蛆在糞中化蛹了。

其原因

一是養殖房內溫度太低，低於20℃，而糞堆中溫度卻在30℃以上，蠅蛆爬出來馬上感覺到外面的溫度對化蛹會不利，只好在糞堆中化蛹了；

二是養殖的糞堆太大，旁邊的蠅蛆自動分離了，而生存在糞堆中間的蠅蛆它們爬了很久都還沒有爬出糞外，沒有眼睛的它們以為糞堆是無邊無際的，再爬也是徒勞，只好在糞堆中化蛹算了；

三是蠅蛆頻繁的活動把糞弄散後總是使糞連育蛆池邊都塞滿了，蠅蛆連爬出的“路”都沒有了。解決的辦法是：蠅蛆自動分離的時間在3~9點鐘，這其間的溫度應該在20℃以上，每個育蛆池中糞重量在100公斤以下，每天要2~3次把堵塞在育蛆池邊的糞料鏟到中間，使蠅蛆育蛆池牆邊的路暢通無阻。

一是自然分離法。利用蠅蛆成熟後要尋找乾燥、安靜地方化蛹的特點，做養蛆池，蠅蛆會按照人們設計的路線，離開養蛆池，經過爬坡，搽乾淨身上水分，掉進爬蛆槽，再沿著爬蛆槽走進陷阱–收蛆桶。這是在原料、等各方面符合要求的情況下采用的方法，可實現養蠅蛆和分離蠅蛆的效果。利用野生蒼蠅生產蠅蛆大多采用的是這種方法。

二是強光分離法。將孔眼大小能夠讓蠅蛆鑽過的篩子放於塑膠盆上，將蛆料先加水拌溼後倒入篩中，厚度以不超過2釐米為佳。利用蠅蛆怕光習性，將其置於Sunny下，用糞扒在育蛆原料表層不斷扒動，蠅蛆便往裡鑽，把表層糞料取走，此法反覆多次會拼命往下鑽，而掉入下面的盆中。

三是水分離法。將蛆料放入缸中加水，攪動，蠅蛆就會漂浮於水上層，用笊籬撈出。早期籠養蒼蠅生產蠅蛆大多采用的是這種方法。

四是自動分離法和傳統分離法結合的分離法。（1）加分法。即加大原料的水分，逼迫蠅蛆鑽出糞面，按照設計的路線走。（2）蓋塑膠布法。蠅蛆成熟後將整塊塑膠布貼池面原料，使糞原料裡的蠅蛆鑽出原料到表面，然後揭掉塑膠布收集表層蠅蛆和少量糞進行分離處理。

在當今蠅蛆養殖中，四類方法都離不開。如利用養蛆池生產蠅蛆，原料用雞糞及一些能量低的原料，蠅蛆不外爬，第二種、第三種方法就可以使用。雞糞養蠅蛆，招引蒼蠅多，產蠅蛆比豬糞等多，在一些地方量比較大，如果採取合適的分離方法，提出大部分蠅蛆，將剩下的原料和蠅蛆混合加工，再加進能量高的飼料，就成了不可多得的好飼料，是發展迴圈農業、爭取高效的一條好路子。

當蛆老熟、體色微黃時，一般會自動從培養料中分離出來，對不能分離出來的蛆要採取以下方法：

(1) 趨乾性分離蠅蛆成熟後會爬出培養料，尋找乾燥的地方進行化蛹，利用這一特性進行分離。

(2) 怕光性分離用糞耙在育蛆池表層剝去培養料表層，並不斷採用強光照射，蛆從表面向下移動後，把表層培養料取走，反覆多次可在底層獲得大量蠅蛆。

(3) 水分離法用噴霧器加溼，蛆就會從培養料中爬出，跌人集蛆桶中。