益生菌是細菌，益生元是有助於益生菌生長的物質，膳食纖維是食物中一種特殊的碳水化合物，不被腸道吸收，可以增加糞便水分，促進腸道蠕動的東西。有的研究認為膳食纖維也可以促進益生菌的增殖，所以也被認為是一種益生元。

益生菌是具有生物活性且對宿主健康有益的微生物。益生菌是微生物，是有生命力的，合適的條件下，會生長，繁殖，在中國是食品管理體系中，益生菌是作為食品新資源管理，使用的。每個不同的菌株有限定的生產方法，產品有規定的活性要求，有限定的使用範圍，具體可以參考以下截圖。

目前來說，益生菌廣泛應用於動物飼料，嬰幼兒配方奶粉，乳製品（酸奶，乳酪，養樂多等），保健食品，功能性飲料等等食品中。醫藥上也有專門的活菌製劑，比如培菲康。益生菌在生產上遇到的最大的問題是如何保持它的活性，特別是，在常溫食品裡，它的活性如何保證，另外，食用後，進入人體，傳代以後，會不會變異，在人體腸道中到底能定殖多少，在複雜的腸道菌群環境中，會不會被別的腸道細菌的基因改變菌株特性。。。。。，益生菌有雙向調節性，所以，便秘可以吃益生菌，腹瀉時也可以作為輔助治療。益生菌的一些不確定問題需要科學家進行更深入的研究，比如，人們也把益生菌用於動物飼料，讓它們長肉，而另一方面，又用這些益生菌來作為減肥時調節腸道菌群，因為這是有生命力的活菌，而且細菌傳代的時間又短，它們的功能如何保證按設計的方向走是一個挑戰，如果按即定的方向走，效率怎麼保證又是另一個挑戰。益生菌攝入過多時，會有一過性腹瀉的現象。

益生元是指那些可溶性的膳食纖維，一般是低聚糖，多聚糖，益生元不能被人體消化酶降解，但是可以被腸道菌群發酵，這些低聚糖包括人們熟悉的低聚異麥芽糖，低聚果糖，低聚乳果糖，貝塔葡聚糖，菊粉（這是多聚糖），還有醫藥上常用的乳果糖（食品名：異構化乳糖液）。腸道中以這些低聚糖，多聚糖為食物的細菌，發酵後，會分泌出一些短鏈脂肪酸，這些短鏈脂肪酸一方面能為腸粘膜吸收，維持粘膜健康，也為人體提供能量；另一方面，可以降低腸道pH值，抑制有害菌的生長（有害菌不耐酸），所以，以益生元為底物的菌，在腸道中佔優勢的時候，對人體腸道健康是有益的，這些菌，也就是前面提到的益生菌的，但是人體腸道中的益生菌比人們分離出來商品化的菌株更多，更復雜，哪種益生元促進哪個菌的生長，這個菌在慢性代謝性疾病中起什麼作用，這就是生物學利用微生物組精準調控慢性代謝疾病的機理，要在實踐中應用，還要考慮，攝入多大量剛好就能達到想要的目標。在食物中，全穀物中含有豐富的葡聚糖，大豆含大豆低聚糖，紅薯，山藥中也含低聚糖，柚子也含低聚糖，益生元有個特點，攝入一定量後，會不停放屁，如果單次攝入過多，也會有一過性腹瀉的特點。

膳食纖維是=可溶性膳食纖維（益生元）+不溶性膳食纖維，可溶性的膳食纖維就是基本都是益生元，而不溶性的膳食纖維也有重要的生理功能，不溶性的膳食纖維吸水後能溶脹7-9倍，攝入後可以提供飽腹感，促進腸道蠕動，增加糞便體積，促進排便，本身的吸附功能也能排出部分腸內毒素，也為腸道益生菌提供合適的生長環境。不溶性膳食纖維主要來自穀物的皮殼，植物的根莖，各類蔬菜葉子，水果纖維，商業化的比如大豆纖維，廣泛應用於蕃茄醬生產，還有圓苞車前子殼粉，應用於各類保健品，竹纖維，燕麥纖維，小麥纖維。。。。。。，廣泛應用於各類食品。