筆者認為，兩所大學不分伯仲，都可以。軟體工程，你作為雙非一本的大學生，若能考上南京航空航天大學與南京理工大學的任意一所大學的研究生，都挺不錯的。

因兩所大學，國家"雙一流"的"211工程"大學畢業的本科生想考上都較難。所以你要考上必須得付出相當大的努力，才有可能脫穎而出。

對於兩所大學，它們都是國家"雙一流"，"世界一流"學科建設的"211工程"的全國重點大學。只不過南京航空航天大學是以"航空航天"為特色的綜合性大學。而南京理工大學是培養"兵器技術人才"搖籃的綜合性大學。

對於軟體工程專業在南京航空航天大學計算機科學與技術學院裡，屬於工信部的重點學科，也屬江蘇省重點學科。

在全國大學第四輪學科評估中評為B+，是全國首批一級學科碩士、專業碩士、博士學位授予點，並建有博士後科研流動站。

而軟體工程專業在南京理工大學計算機科學與技術學院裡，只屬於江蘇省重點學科。在全國大學第四輪學科評估中評為B。同樣具有一級學科碩士、專業碩士、博士學位授予點。

綜上，兩所大學相互比較，南京航空航天大學的軟體工程專業比南京理工大學多一個工信部重點學科，並建有博士後科研流動站。其它沒有差別。

你要想考研究生，可選擇看考那一所大學研究生競爭力小點。你可根據兩所大學往年招生情況比較一下，自已作出選擇。

綜上，個人看法。