1、親本選擇

單胚與少胚品種的應用。柑橘類果樹與其他果樹相比，不僅種間容易雜交而且與其近緣積屬、金柑屬之間也容易雜交，但大多數柑稿類品種的種子都是多胚的，如果以多胚品種為母本，由於珠心胚的干擾，要獲得雜交有性苗是比較困難的，同時多胚品種的合子胚往往受壓制，不容易得到雜交有性苗，即使得到有性苗，在結果前也很難鑑別。因此在選擇母本時，一般選單胚或少胚品種獲得有性雜交苗的機率比較大。如日本、美國等，以單胚的克里邁丁紅橘為母本與奧蘭多橘雜交獲得日輝橘柚，與碰柑雜交獲得費來蒙特橘，與丹西紅橘雜交獲得福瓊橘，與明尼奧拉橘袖雜交獲得佩奇橘等。中國浙江省柑橘研究所以單胚慢橘為母本與文旦雜交也獲得慢文柑。

不育性品種的利用。柑橘類品種中如臍橙、溫州蜜柑、南豐蜜橘、伏令夏橙、馬敘葡萄袖和克里邁丁紅橘一奧蘭多精袖、明尼奧拉、佩奇、高班袖、麻豆文旦等品種產生少核或無核的主要原因，是生殖器官不育或自交不親和等因素所致。利用這些品種作為雜交育種的親本獲得有性苗的機率大。如日本、美國等，以特羅維塔甜橙(華臍變種)與宮川早熟溫州雜交育成清見橘橙；以清見橘橙為母本與中野碰柑雜交獲得陽香、不知火；以清見福橙與費爾柴爾德橘(克里邁丁紅橘x奧蘭多橘柚雜交育成南風;以清見為母本與明尼奧那雜交育成清峰；以清見為母本與興津早熟雜交獲得津之香；以三保早熟溫州為母本與克里邁丁紅橘雜交育成南香；以鄧肯葡萄柚為母本與丹西紅橘雜交育成明尼奧拉；以清家臍橙為母本與克里邁丁紅橘雜交育成有明。

2、雜交育種的操作技術

選好雜交組合後，準備好小鑷子，雜交用紙袋。雜交用母本樹要選擇在便於雜交操作，有葉花多的樹，父本品種在開花前用小鑷子挑開花蕾，收集雄蕊，加溫乾燥，促使開放，採集花粉。對溫州蜜柑、臍橙等沒有花粉或少花粉品種，要預先培育盆栽幼樹，提前置入溫室加溫，待開花時採集花粉,然後涼幹貯藏備用。雜交時選含苞欲放的花蕾除去雄蕊，將花粉塗在柱頭上套好紙袋，防止昆蟲異花授粉。同時儘可能摘除已授粉花的周圍的花，確保可靠結果，再掛上標籤。果實成熟按標籤記載仔細採收，取籽貯藏。