5月7日，日本防衛省防衛大臣巖屋毅在記者會上表示，日本墜毀的F-35戰機的“黑匣子”已經被找到，是被一艘日本海洋研究開發機構的民間海洋調查船“海鳴”號發現的，這艘海洋調查船在日本航空自衛隊三澤基地東面約72.8海里、水深約1500米的海底發現了屬於失事F-35戰鬥機的“黑匣子”，但只是黑匣子的一小部分，但側面說明日本判斷打撈的區域並沒有錯，同時還發現F-35戰機的一部分機艙玻璃碎片！

儘管如此，但日本還是無法查出F-35墜毀的真相，這個黑匣子只是一小部分而已，而且損毀嚴重，既然黑匣子已經被肢解，就說明飛行資料和錄音器都已經散落到海底，一年半載可能難以找全所有的零部件，就無法匯出黑匣子的資料，不過日本政府仍然認為這次一次重大突破！

根據日本當時的訊息，4月9日晚上9點，日本的4架F-35A戰機從日本東北部三澤基地起飛，進行正常的飛行訓練，沒想到卻發生了這樣的意外，F-35戰機從三澤基地起飛30分鐘之後，在距離三澤基地135公里的太平洋海域上空，突然從日本的雷達上消失。此訊息一出，頓時就轟動了世界！

日本的F-35戰機，是日本航空自衛隊的自行組裝的，是亞洲第一架墜毀的F-35戰機，同時也是全世界第二架墜毀的F-35戰機，猶豫日本的打撈技術有限，一直都無法炔定該戰機的殘骸，導致不少的國家對日本的F-35戰機產生了濃厚的興趣，還曾有說這是在公海區域，誰撈上來就算誰的言論，但背後是美國，誰又敢動美國的乳酪，更何況美國一直把F-35戰機的隱身技術視為核心機密，一旦被其它國家打撈，F-35戰機的秘密將不復存在，上了戰場F-35戰機就成了活靶子，美國是不會放任不管的！

5月7日，日本防衛省防衛大臣巖屋毅表示找到一部分黑匣子之後，美日總算是鬆了一口氣，美國海菊5月9日便對外宣佈，美國軍方停止搜尋一架在太平洋上空失事的F-35A型戰鬥機殘骸！很明顯，美國的戒備心降級了，將尋找F-35戰機殘骸的任務交給了日本！