目前已經基本沒有什麼區別了，如果WIFI上網沒困難，感覺目前Apple是推薦使用iCloud備份的。

官方說明的兩種方式介紹見：

iCloud 備份哪些內容？關於 iOS 裝置的備份

摘錄：

以下是 iCloud 雲備份所包含的內容

應用資料Apple Watch 備份通話歷史記錄裝置設定HomeKit 配置主螢幕和應用排列iMessage 資訊、文字資訊（簡訊）和彩信iPhone、iPad 和 iPod touch 上的照片和影片2Apple 服務中的購買記錄，例如您的音樂、影片、電視節目、應用和圖書3鈴聲Visual Voicemail 密碼（備份過程中需要裝入正在使用的 SIM 卡）

您的 iPhone、iPad 和 iPod touch 備份只包含您的裝置上儲存的資訊和設定，而不包含：

已儲存在 iCloud 中的資料，如通訊錄、日曆、備忘錄、我的照片流和 iCloud 照片相簿已儲存在 Gmail 和 Exchange 郵件等其他雲服務中的資料Apple Pay 資訊和設定觸控 ID 設定iCloud 音樂資料庫和 App Store 內容（如果這些內容仍在 iTunes Store、App Store 或 iBooks Store 中提供，您可以輕點以重新下載您已購買的內容。）

iTunes 備份

在 Mac 或 PC 上，您可以在 iTunes 中備份您的裝置。將裝置與電腦同步的操作有別於備份操作。iTunes 備份包含裝置上儲存的幾乎所有資料和設定。iTunes 備份不包含：

iTunes Store 和 App Store 中的內容，或是直接下載到 iBooks 的 PDF（您可以按照“傳輸 iTunes 中的購買專案”中所述來備份這些內容。）從 iTunes 同步的內容，如匯入的 MP3 或 CD、影片、圖書和照片已儲存在雲端的照片，如“我的照片流”和 iCloud 照片相簿中的照片觸控 ID 設定Apple Pay 資訊和設定“健身記錄”、“健康”和“鑰匙串”資料（要備份這些內容，您需要使用 iTunes 中的加密備份。）