孔子的祖上是宋國的貴族，先祖是商朝開國君主商湯。周初三監之亂後，為了安撫商朝的貴族及後裔，周公以周成王之命封商紂王的親兄長微子啟於商丘建立宋國，奉殷商祀。微子啟死後，其弟微仲即位，微仲是孔子的十五世祖。

六世祖得孔氏，稱孔父嘉。孔父嘉是宋國大夫，曾為大司馬，封地位於宋國慄邑（今商丘夏邑），後來在宮廷內亂中被太宰華督所殺。孔父嘉子木金父，木金父生孔防叔，孔防叔的孫子叔梁紇就是孔子的父親，叔梁紇為避宋國戰亂逃到魯國的陬邑（今山東曲阜）定居，其官職為陬邑大夫。

叔梁紇的正妻施氏，生了九個女兒卻沒有一個兒子，小妾為他生了長子孟皮，孟皮有足疾，叔梁紇很不滿意。於是叔梁紇請求顏氏讓她三個女兒之中的一個立為妾，顏氏念叔梁年老且性情急躁，於是徵求三個女兒的意見。長女和次女都不同意，只有小女兒顏徵在願嫁叔梁紇。

顏徵在時年不滿二十歲，而叔梁紇已經六十六歲，年齡相差懸殊，兩人為婚於禮不合，夫妻在尼山居住並且懷孕，故謂之“野合”。孔子在魯襄公二十二年十月（儒略曆公元前551年；格里曆公元前551年9月28日。關於孔子出生年月有兩種記載，相差一年，一般依《史記·孔子世家》說。）申時於陬邑昌平鄉誕生。

孔子生而七漏，頭上圩頂（yú dǐng，意為頭頂凹陷），而又因其母曾禱於尼丘山，故名“丘”，字“仲尼”。