葉爾羌汗國是由東察合臺汗國汗速檀阿黑麻之子蘇丹賽德在1514年於原察合臺汗國的舊地上創立的一個國家，可認為是東察合臺汗國的延續。至1680年成為準噶爾的附屬國，在17世紀末策妄阿拉布坦時期消亡。早期的首都在哈實哈兒(今喀什市)，後遷往葉爾羌城(今莎車縣)，故稱“葉爾羌國”。疆域最大時包括吐魯番，哈密，塔里木盆地。汗國版圖的東方是敦煌、南方是烏思藏、西南是博羅爾、巴爾蒂斯坦，與烏茲別克以費爾干納谷地為界，北方以天山為界，與哈薩克相鄰。歐洲因其早期統治中心在喀什噶爾，因此稱為“喀什噶爾汗國”，中亞則因其國是由成吉思汗後裔建立，因此稱為蒙兀兒汗國。在這一時期，新疆南部的蒙古人完成了伊斯蘭化。

葉爾羌國信奉伊斯蘭教，黑山派和卓的勢力很大。速檀賽德曾經想成為一位德爾維希(即托缽僧)，投身和卓馬黑麻?尤素福的門下，後來及時受勸阻。由此時起，和卓家族興起。黑山派和白山派兩派互鬥不已，直到亡國。白山派的據點是喀什噶爾，黑山派的據點是葉爾羌城。因為後來很多大城市由吉利吉思人管理，因此葉爾羌汗國有時被稱為吉爾吉斯汗國。至於汗國大部制度和成吉思汗時代無異，只是信奉伊斯蘭教。汗國的官員分為軍事官員、宮廷官員、中央官員、宗教人士官員。汗由庫裡臺大會推舉。法官由宗教官員與世俗官員出任。由案情決定，官教案件由哈的負責，習慣法由伯克負責。準噶爾部噶爾丹攻佔葉爾羌後，阿帕克和卓充當噶爾丹的傀儡政權繼續在葉爾羌的統治。

經濟為園地業、商業、畜牧業。以農業為主，土地分別為國有土地、私人物土地、宗教莊園土地。官地由佃農種植，稱為塔蘭奇，是農奴。收成五成交給汗國，私人土地則是一成，這是經教確定的。黑汗王朝已有此制度。