喜馬拉雅山脈南北兩側氣候迥異。山南氣候暖熱溼潤。如墨脫（海拔1130米）和樟木 (2300米)兩地，最熱月均溫分別達22.1℃和17.3℃，年降水量分別為2300毫米和2800毫米，位於山麓的巴昔卡（157米）的年降水量則超過4400毫米。山北溫涼乾燥，一般最熱月均溫多低於10℃,年降水量少於400毫米。氣候垂直變化明顯。南北兩坡的地形、水文、生物、土壤及農業生產差異均大。以喜馬拉雅山脈東段為例，南坡地勢險峻，河網密，流水侵蝕強，原始森林蔥鬱，植物種類豐富，森林土壤多樣。山地垂直帶是：①海拔1100米以下的低山丘陵為熱帶雨林和委雨林－磚紅壤性土壤帶。②1100～2300米為山地亞熱帶常綠闊葉林-黃壤帶。③2300～2900米為山地暖溫帶針闊葉混交林－黃棕壤和棕壤帶。④2900～4100米（森林上限）為山地寒溫帶雲、冷杉暗針葉林-暗棕壤和漂灰土帶。 ⑤森林上限～4400米為亞高山寒帶杜鵑、山柳等灌叢和高山嵩草草甸－亞高山灌叢土和高山草甸土帶。⑥4400～4800米(雪線)為地衣、苔蘚與座墊植物等組成的高山冰緣稀疏植被－寒凍土帶，雪線以上為高山永久冰雪帶。垂直自然帶屬海洋性溼潤型系統。種植上限不超過4000米。在山麓谷地內可種植水稻、雞爪谷、玉米與小麥等多種作物，一年兩至三熟。可種茶樹、甘蔗、甘橘與香蕉等。密林中常見麂、麝、黑熊、猴、小熊貓、各種毒蛇和羽毛鮮豔的鳥禽等。北坡地勢相對和緩開闊，海拔一般在4000米以上，氣候寒冷乾燥。湖盆與寬谷地形發育,河流稀少,乾旱剝蝕較強，森林面積驟減，除東部河谷地區有森林分佈外，海拔5000米（高山草甸帶下限）以下多為紫花針茅等禾本科植物組成高山草原帶。海拔4000米以下較溫暖的朋曲河上游與雅魯藏布江中游寬谷則為山地灌叢草原帶，屬草原土壤型別。垂直自然帶屬大陸性半乾旱型系統。大部分地區為天然牧場,僅沿河沃土闢為耕地,可種植青稞、小麥、油菜和豌豆等作物，一年一熟。最高種植上限在聶拉木附近海拔4760米處，有野犛牛、藏原羚、旱獺、鼠兔和狐等野生動物。喜馬拉雅山脈東溼西幹，西段（東經85°、吉隆一帶以西）的山麓地帶已無熱帶森林，並在乾燥河谷中出現長葉松、長葉雲杉及霸王鞭類漿質刺灌叢。