洛克人X3：

21XX年，科學家機器人「多普拉博士」一舉掃蕩了所有的異常者。

之後，多普拉在他所建造的和平城市「多普拉城」，集結了許多優秀的機器人。

之後又過了幾個月…

本來應該已經鎮靜化的異常者們，竟然同時發動叛亂。

為了查明主謀者是不是就是多普拉博士，異常者獵人總部命令艾克斯和傑洛追捕多普拉博士，並消滅多普拉軍。

異常者獵人艾克斯與傑洛，出動！！

數小時後，從異常者獵人總部傳來了緊急通訊。

這裡是異常者獵人總部！

我們受到多普拉軍的攻擊，現在正在應戰中！

在總部周邊的異常者獵人請儘快回來，並且即刻應戰

洛克人X4：

西元21XX年，擁有人類思考能力的雷普利機器人和人類和平生存著

在現今有兩個大型組織，分別為處理異常者的雷普利機器人組織「異常者獵人」，以及為了應對大規模災害可迅速處理，以雷普利機器人組成的軍隊「改造軍團」

這兩者到目前為止都是以合作方式執行各種任務以維持和平

但一天，改造軍團突然發動武裝叛變，並佔據世界各地

異常者獵人司令部便把所有的改造軍團的人員認定為異常者，命令艾克斯與傑洛出擊

為何改造軍團要叛變呢？

在這戰爭之中他們所追求的究竟是...？