.三年後,鳴人回木葉,與曾經摯友相會,並開始尋找佐助的旅途

.由大和隊進行搜尋大蛇丸任務,並與佐助遭遇.

.同年,代號名為"曉"的組織開始行動

.由兩人一組的曉眾接到了收集尾獸的命令,很快,沙忍村遭到了迪達拉和赤沙之蠍的襲擊,風影我愛羅戰敗後被伏.

.勘九郎獨自追擊,不幸中毒,生命垂危

.1天后,有木葉派出的卡卡西隊抵達沙忍,春野櫻成功治療勘九郎,笠日,卡卡西隊曾經沙忍千代追蹤曉人眾.同天,凱隊增援出發.

.一天後,與曉遭遇,此時我愛羅被吸走尾獸,死亡.

.千代與春野櫻戰敗赤沙之蠍,蠍死亡.

.鳴人戰敗迪達拉,同天,千代將自己的生命轉給我愛羅後死亡.

.之後的日子裡,二尾,三尾相繼被收服

.某日,曉組織中名為段飛和角都兩人,襲擊木葉寺院,全寺陣亡.

.很快,阿斯瑪班追擊,並與曉遭遇

.阿斯瑪陣亡,同時,鳴人新忍術即將成功.

.接著木葉卡卡西帶領的鹿丸小隊與曉遭遇.

.段飛被鹿丸幹掉

.此時,鳴人習得新忍術,角都被幹掉

.之後的幾天,佐助殺掉大蛇丸並奪取其能力

.佐助組成"蛇隊"開始搜尋鼬的下落

.同期,鳴人等人開始尋找佐助

.不久,迪達拉與佐助遭遇,苦戰後,陣亡.

.此時,曉的首領現身,名為宇智波 斑.從寫輪眼來看,曾經是木葉忍者

.鼬與佐助遭遇,並約定再戰

.同天,自來也獨自調查曉,遭遇代號為零的雨忍潘恩和代號為白的不明女子